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《DiscoveryStudio藥物發(fā)現(xiàn)與生物大分子計算模擬平臺》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在工程資料-天天文庫。
1、個人電腦上的全新分子建模環(huán)境，專業(yè)的生命科學分子模擬軟件『PDF資料下載1DiscoveryStudio?（簡稱DS）,棊于Windows/Linux系統(tǒng)和個人電腦、面向生命科學領(lǐng)域的新一代分子建模和模擬環(huán)境。它服務于生命科學領(lǐng)域的實驗生物學家、藥物化學家、結(jié)構(gòu)生物學家、計算生物學家和計算化學家，應用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能研究，以及藥物發(fā)現(xiàn)。為科學家提供易用的蛋白質(zhì)模擬、優(yōu)化和藥物設(shè)計工具。通過高質(zhì)量的圖形、多年驗證的技術(shù)以及集成的環(huán)境，DS將實驗數(shù)據(jù)的保存、管理與專業(yè)水準的建模、模擬工具集成在一起，為研究隊伍的合作與信息共亨提供平臺。建立在最新的流程管理平
2、臺PipelinePilot棊礎(chǔ)上的DS讓數(shù)據(jù)的共享和交流變得更為方便和簡潔。DS中的部分功能流程（protocols）可以在PipelinePilot中進行編輯和組合，編輯組合而得的新流程可以導入DiscoveryStudio中使用，這樣使得科研流程的方便共亨成為可能。同時，PipelinePilot這個開放平臺技術(shù)還為使用者整合自己的或第三方的軟件工具提供了接口?？蒲腥藛T可以在一個統(tǒng)一的平臺上完成從基因到先導化合物設(shè)計的一系列工作，并且可以通過web形式共?亨研究成果。DS的服務器?客戶端模式使得科研人員能夠最方便PL最大限度地實現(xiàn)訃算資源共亨。D
3、S目前的主要功能包括：蛋白質(zhì)的表征（包括蛋白■蛋白相互作用）、同源建模、分了力學計算和分了動力學模擬、基于結(jié)構(gòu)藥物設(shè)計工具（包括配體■蛋白質(zhì)相互作丿IJ、全新藥物設(shè)計和分子對接）、基于小分子的藥物設(shè)計工具（包括定量構(gòu)效關(guān)系、藥效團、數(shù)據(jù)庫篩選、ADMET）和組合庫的設(shè)計與分析等。DS可以應用于生命科學以下研究領(lǐng)域：新藥發(fā)現(xiàn)，生物信息學，結(jié)構(gòu)生物學，酶學，免疫學，病毒學，遺傳與發(fā)育牛物學，腫瘤研究。DiscoveryStudio功能模塊簡介三、Accelrvs軟件應用于生命科學Accelrvs軟件應用于生命科學DiscoveryStudio功能模塊簡介-
4、基本界面和顯示模塊DiscoveryStudioStandaloneDiscovervStudioVisualizerClient-蛋白質(zhì)模擬模塊DSMODELERDSProteinRefineDSProteinHealthDSProteinFamiliesDSS巳auenc巳Analysis-基于結(jié)構(gòu)的藥物發(fā)現(xiàn)和設(shè)計模塊DSFlexibleDockinqDSLigaridFitDSLiqandScoreDSLibDockDSCDOCKERDSProteinDockinqDSLudiDSDeNovoEvolutionDSLiqandFitCAP/DSL
5、udiCAPDSGOLDinterface-基于藥效團的藥物發(fā)現(xiàn)和設(shè)計模塊DSCatalvstConformationDSCatalvstHvDOthesisDSCatalystSBPDSCatalvstScoreDSCatalystShapeDSCatalvstDBBuildDSCatalvstDBSearchDSDeNovoLigandBuilderHvdoDBPCDB(PharmaCoreDB)-基于小分子的藥物發(fā)現(xiàn)和設(shè)計模塊DSQSARGFAConwonentVAMPDescriptorsComDorient/DMol3DescriptorsC
6、onwonentDSLibraryDesianDSADMETDSTOPKAT-分子力學和分子動力學計算模塊DSCHARMmDSCHARMmLiteDSCFF(高級U類力場)DSMMFF(MerckMolecularForceField)-分析模塊DSBiouolvmerDSAnalysis基本界面和顯示模塊?DiscoveryStudioStandalone可視化界面，是利用DiscoveryStudio軟件進行分子設(shè)計和模擬的基礎(chǔ)，支持服務器■客戶端安裝在同一臺機器上的運行模式。與PipelinePilotServer結(jié)合在一起，提供化學/牛物學數(shù)據(jù)
7、顯示、模擬/分析、構(gòu)建三維分子、展示動態(tài)變化、三維作圖及許影Jt?它功能。是服務器■客戶端運行模式中、客戶端的可視化界面，用于訪問和使用服務器端的DiscoveryStudio軟件。必須與服務器端配置的PipelinePilotServer協(xié)同工作，為川戶提供無與倫比的數(shù)據(jù)、工作流程和計?算資源共享。蛋白質(zhì)模擬模塊?DSMODELER只耍給出未知結(jié)構(gòu)序列與另一個已知三維結(jié)構(gòu)責口的比對，利用工業(yè)標準的快速同源模建方法，便可門動并快速產(chǎn)生優(yōu)化的蛋白同源模型。對于靶標發(fā)現(xiàn)及蛋白家族功能結(jié)構(gòu)分析，MODELER是一個理想的解決方案。用MODELER還可以模擬蛋
8、白突變，進行l(wèi)oop區(qū)模建及基于結(jié)構(gòu)的比對并構(gòu)建有配體結(jié)合的蛋白結(jié)構(gòu)模型。結(jié)nSequence
