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1、基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)，2010年，第29卷，第6期，第1039-1046頁(yè)GenomicsandAppliedBiology,2010,Vol.29,No.6,1039-1046研究報(bào)告ALetter豬肺泡巨噬細(xì)胞感染PRRSV進(jìn)程中差異表達(dá)基因及基因功能富集分析鄭維豪杜紅麗*林志強(qiáng)閃瑩王小寧華南理工大學(xué)生物科學(xué)與工程學(xué)院,廣州,510006*通訊作者,hldu@scut.edu.cn摘要豬呼吸和繁殖綜合癥病毒(porcinereproductiveandrespiratorysyndromevirus,PRRSV)感染豬后會(huì)引起妊娠母豬嚴(yán)重繁殖障礙和仔豬
2、呼吸困難及高死亡率，給養(yǎng)豬產(chǎn)業(yè)造成了巨大經(jīng)濟(jì)損失，因此挖掘PRRSV感染豬肺泡巨噬細(xì)胞進(jìn)程中差異表達(dá)的基因及機(jī)理有重要意義。本研究對(duì)來(lái)自GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的PRRSV感染豬肺泡巨噬細(xì)胞sage表達(dá)譜數(shù)據(jù)GSE10346進(jìn)行后續(xù)挖掘。先用sage軟件處理，經(jīng)sagemap注釋得到上調(diào)已知基因49個(gè)，下調(diào)已知基因41個(gè)。利用AgBase網(wǎng)站上的GORetriever工具和GOSlimViewer工具進(jìn)行細(xì)胞組分(cellularcomponent)、分子功能(molecularfunction)及參與的生物過(guò)程(biologicalprocess)分類(lèi)后發(fā)現(xiàn)有4個(gè)基
3、因與病毒的復(fù)制相關(guān)：其中IL8已有報(bào)道認(rèn)為與抗PRRSV相關(guān)；TNF-α能夠抑制PRRSV復(fù)制；PPIA可能與GP5蛋白胞外區(qū)中和決定簇與抗體發(fā)生作用的24位脯氨酸有關(guān)；ICAM-1在嗜中性粒細(xì)胞的產(chǎn)生中起關(guān)鍵作用，與病毒吸附相關(guān)。這4個(gè)基因與PRRSV的致病機(jī)制相關(guān)，可望用于抗PRRSV研究。進(jìn)一步利用David在線(xiàn)工具進(jìn)行基因功能富集分析后，發(fā)現(xiàn)幾個(gè)免疫通路，如趨化因子通路，Toll-like受體信號(hào)通路和NOD-like受體信號(hào)通路具有檢驗(yàn)顯著性，這些免疫通路在PRRSV感染過(guò)程中起著一定作用，有望成為抗PRRSV的靶通路。關(guān)鍵詞豬呼吸和繁殖綜合癥病
4、毒,基因功能富集,靶基因,靶通路DifferentiallyExpressedGenesandGeneFunctionEnrichmentAnalysisintheProcessofPorcineAlveolarMacrophagesInfectedwithPRRSVZhengWeihaoDuHongli*LinZhiqiangShanYingWangXiaoningSchoolofBioscienceandBioengineering,SouthChinaUniversityofTechnology,Guangzhou,510006*Correspond
5、ingauthor,hldu@scut.edu.cnDOI:10.3969/gab.029.001039AbstractPorcinereproductiveandrespiratorysyndromevirus(PRRSV)cancauseseriousreproductivefailureinpregnantsows,breathingdifficultiesandhighmortalityratesinpiglets,andhascausedtremendouseconomiclossesintheswineindustry,sominingdiff
6、erentiallyexpressedgenesandmechanismintheprocessofPRRSVin-fectionofporcinealveolarmacrophagesareimportant.SageexpressiondataGSE10346ofporcinealveolarmacrophageinfectedwithPRRSVfromGEOdatabasewereusedforsubsequentexcavationinthepresentstudy.Weobtained49up-regulatedknowngenesand41do
7、wn-regulatedknowngenesafterprocessingwiththesagesoftwareandannotatingwithsagemap.FourgeneswerefoundassociatedwithviralreplicationbyusingAgBasesiteGORetrievertoolsandGOSlimViewertoolsfordifferentiallyexpressedgenesclassificationaccordingtocellu-larcomponent,molecularfunctionandbiol
8、ogicalprocess.Thereinto,IL8iscorr
