Vector_NTI_中文使用說明書.doc

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1、VectorNTI7.0User'sManual軟件包中文翻譯者：宋厚輝（浙江大學）前言（Introduction）1.程序附帶的數據庫（VectorNTIdatabase）包括：DNA/RNA、蛋白質、內切酶、寡核苷酸、凝膠mark。此外程序還提供數據庫開發(fā)（DatabaseExplorer）功能，用戶可以自己修改、添加、拷貝感興趣的各類數據庫。2.創(chuàng)建新分子（有四種方法）A．用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROTandFASTA、ASCII等格式輸入DNA或氨基酸。B．手工粘帖，然后保存到數據庫

2、中C．從其他分子、接頭、載體中剪切、拼接構鍵D．從DNA或RNA分子的編碼區(qū)翻譯成蛋白質3.關于新分子的序列特征圖譜：利用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROTorFASTA等格式輸入的分子都能顯示出序列和結構圖，但自己手工粘帖的沒有，需要自己編輯第一章Chapter1Tutorial:DisplayWindows（顯示窗口）目的：創(chuàng)建顯示窗口，并對圖、序列和文本進行操作·1.登錄VectorNTI安裝后首次登錄，系統(tǒng)將提示是否允許填充空庫，點OK。這樣DNAmolecules,proteins,en

3、zymes,oligos,andgelmarkers將組成NTI的數據庫。并出現(xiàn)下列兩個窗口?！?.觀察出現(xiàn)的VectorNTI工作窗口和DatabaseExplorer窗口上面的第一個窗口為工作窗口，由菜單欄和工具條兩欄，移動鼠標到工具欄任意選項處，鼠標自動顯示每個工具條的功能。第二個窗口為exlporing——localvectorNTIdatabase,顯示的是上次打開的DNA/RNA或蛋白分子。3.CreateaDisplayWindowforpBR322激活exlporing——localvectorNTIdata

4、base窗口中的DNA/RNAMolecules(MAIN)數據庫，找到pBR322分子并雙擊打開。顯示如下窗口：·4.觀察pBR322顯示窗口上面的窗口由文本區(qū)（對分子信息的文字描述，雙擊文件夾可以看到）、圖形區(qū)（標住限制性內切酶位點等）和序列區(qū)（全序列及酶切位點）三個部分組成?！?.顯示窗口的管理（通過拖拉標尺，改變窗口、或每個顯示區(qū)的相對大?。?.轉換pBR322’s圖形區(qū)：在工具欄左邊的activepane右側有三個按鈕，用鼠標點當中那個（graphicspane）·7.對pBR322’s結構圖進行操作：用戶可以嘗

5、試點擊、、，此時圖形的大小會發(fā)生變化。選區(qū)設定：菜單Edit——>setselection,輸入100bp–1000bp,然后OK.可以看到選取在圖形中用扇型框圈了起來.將鼠標移到選取的5’端,可以看到,通過拖拉可以延長或縮短選區(qū)范圍,同樣在3’端也能做到。如果用戶一次只想移動一個堿基用直接拖拉就可能不方便，假如用戶想在5’端移動一個堿基，首先將鼠標放到處，然后按住shift和鍵盤右側的——>或<——箭頭，則按一次箭頭移動一個堿基距離。如果一次想移動10個堿基，則同時按住shift+ctrl+箭頭。如果用戶只是粗略選擇，可以

6、直接將鼠標移到圖中，用十字花拖動。將鼠標移到圖的TCr處，此時鼠標箭頭變成，并顯示TCr代表的含義，如果用戶此時按下鼠標，則TCr的編碼區(qū)將被選中?！?.檢查pBR322’snucleotide序列移動標尺，盡可能將更多的PBR322序列顯示出來，并點擊序列中任何一處?，F(xiàn)在對序列顯示的樣式進行設定：點擊（DisplaySetup）按鈕，顯示moleculardisplaysetup對話框：用戶可以對序列的顏色、大小、10個一組顯示還是15個一組（默認是10個堿基一組），結構圖的顏色、限制酶切圖譜（注意剛開始顯示的PBR322

7、上限制酶并不多）、ORF、Motif等進行設置。現(xiàn)在我們打算把序列字體的顏色由黑色變成綠色，顯示全部PBR322的酶切圖。操作如下：在剛才的窗口中點restrictionmap下面的RMapsetup按鈕，在出現(xiàn)的對話框中點Add,再在出現(xiàn)的對話框中點selectall，然后OK。點sequence下面的sequencesetup,可以看到序列長度的設置等，在color欄中選green,一路點OK。此時顯示如下：我們發(fā)現(xiàn)限制酶是大大的多了，不過美中不足的是序列顯示的是兩條鏈（正鏈和互補鏈），實際上一條鏈就夠了，還有最好再和編

8、碼的氨基酸一切顯示。這好辦：先選中全序列（Ctrl-A），看到工具條中的（TranslateDirect）圖標了沒，點它。哈哈果然翻譯成功了。不要忘了看左右兩側的圖標喲，點點看。（注意用戶在發(fā)表文章的時候，一般在文章中發(fā)表自己克隆或表達的DNA序列，在DNA序列下面還有氨基酸序列，哈哈，這