mapqtl中文使用說(shuō)明書(shū).doc

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1、1.新建一個(gè)空白文件，就是最后的保存文件，名字可以隨便命名。2.導(dǎo)入三個(gè)文件，可以從Demo文件里面拷過(guò)來(lái)，三個(gè)文件名字必須保持一致，只需要進(jìn)行修改里面的內(nèi)容。第一個(gè)是map文件，即通過(guò)joinmap或mapmaker軟件計(jì)算出的各連鎖群上位點(diǎn)的結(jié)果，和mapchart輸入的文件是一樣的。如下圖：第二個(gè)是loc文件，如下圖：其中，popt是群體的類型，nind是群體數(shù)量，nloc是標(biāo)記的位點(diǎn)數(shù)。此時(shí)要注意各位點(diǎn)的順序必須與map文件的順序一致。這里有個(gè)小訣竅，可以將map文件中的各位點(diǎn)拷到excel中，刪掉group

2、和數(shù)字等字符，然后點(diǎn)擊‘工具’——‘選項(xiàng)’——‘自定義序列’將剛才的順序定義為一個(gè)順序，然后選中所有位點(diǎn)的數(shù)據(jù)文件，點(diǎn)擊‘?dāng)?shù)據(jù)’——‘排序’——‘選項(xiàng)’，在自定義排序里面選擇剛才定義的序列，這樣選中的序列就按要求排好了。對(duì)于帶型的寫法，不同群體是不同的，可以參看mapqtl中的說(shuō)明。第三個(gè)是qua文件，也就是數(shù)量性狀的文件，如下圖：其中，nind仍然是群體的個(gè)數(shù)，ntrt是數(shù)量性狀的個(gè)數(shù)，這里由于把單株號(hào)也當(dāng)成數(shù)據(jù)了，所以ntrt就是實(shí)際數(shù)量性狀的個(gè)數(shù)加1。對(duì)于丟失的數(shù)據(jù)用‘*’代替。3.數(shù)據(jù)文件準(zhǔn)備好后，就是導(dǎo)入，

3、在mapqtl軟件的右邊有三個(gè)欄，在population欄下加載loc和qua文件，在maps欄下，加載map文件，然后空格鍵單擊選中三個(gè)文件，在菜單欄的空白檔處選擇計(jì)算方法，例如intervalmapping或者M(jìn)QMmapping，然后可以看到計(jì)算的功能恢復(fù)了，點(diǎn)擊計(jì)算的小圖標(biāo)。4.經(jīng)過(guò)一會(huì)計(jì)算后，結(jié)果就出來(lái)了，里面有qtl位點(diǎn)的染色體位置、LOD值、貢獻(xiàn)率（%Expl）、和加性效應(yīng)等，而且旁邊可以看到LOD的示意圖（resultchart）。5.然后根據(jù)結(jié)果可以在mapchart里面畫圖，或者直接在photos

4、hop里面畫。