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《生物信息學(xué)許麗珍104120236.doc》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在教育資源-天天文庫(kù)。
1、肺炎衣原體(AR39)基因的生物信息學(xué)分析摘要：肺炎衣原體的核酸雜交檢測(cè)衣原體的特異性強(qiáng)，但敏感性不高，主要用于PCR結(jié)果的檢測(cè)、判定，尚未直接用于臨床標(biāo)本的檢測(cè)；PCR具有較高的敏感性，應(yīng)用肺炎衣原體MOMP基因片段的2對(duì)特異性引物對(duì)臨床咽拭子進(jìn)行PCR測(cè)定，其結(jié)果與血清學(xué)檢測(cè)具有較好的一致性。肺炎衣原體能夠引起人的非典型性肺炎，同時(shí)還可致支氣管炎、咽炎、鼻竇炎、中耳炎、心內(nèi)膜炎、腦膜炎、結(jié)節(jié)性紅斑等疾病，也是艾滋病、白血病等繼發(fā)感染的重要病原菌之一，流行病學(xué)和病原學(xué)研究認(rèn)為，肺炎衣原體感染與心血管疾病相關(guān)，已引起各國(guó)學(xué)者的高度重
2、視本篇論文主要要是看看和肺炎衣原體同源性相關(guān)的一些系列有哪些，進(jìn)而掌握它的相關(guān)治病原因，找到防治的措施。關(guān)鍵詞：：肺炎衣原體，系統(tǒng)樹，系列，同源性正文：肺炎衣原體（ChlamydiapneumoniaeCpn）是1989年定名的新種，首株肺炎衣原體是于1965年從臺(tái)灣省一名兒童的眼部用雞胚分離出的，暫名為TW-183T（小T示原型株），1983年又從西雅圖一名患咽炎的大學(xué)生咽部分離出一株AR-39，因其一些生物學(xué)性狀類似于鸚鵡熱衣原體，所以當(dāng)時(shí)歸于鸚鵡熱衣原體種中TWAR組，后經(jīng)深入研究，根據(jù)其獨(dú)特的超微結(jié)構(gòu)及基因和特異性抗原分析，
3、于1989年定為衣原體屬中一個(gè)新種，正式定名為肺炎衣原體（Chlamydiapneumoniae）。肺炎衣原體只有一個(gè)血清型，98kD蛋白為其特異性抗原，代表株為TWAR。目前已新分離出10多株肺炎衣原體，該衣原體是一種重要的呼吸道病原體。肺炎衣原體主要引起人的非典型性肺炎，同時(shí)還可致支氣管炎、咽炎、鼻竇炎、中耳炎、虹膜炎、肝炎、心肌炎、心內(nèi)膜炎、腦膜炎、結(jié)節(jié)性紅斑等疾病，也是艾滋病、白血病等繼發(fā)感染的重要病原菌之一，另外，流行病學(xué)和病原學(xué)研究認(rèn)為，肺炎衣原體感染與心血管疾病相關(guān)，已引起各國(guó)學(xué)者的高度重視。編輯本段病原：肺炎衣原體的
4、原體形態(tài)多樣，電鏡下可呈現(xiàn)典型的梨形，其長(zhǎng)軸長(zhǎng)0.44μm，短軸長(zhǎng)0.31μm，平均直徑為0.38μm。核區(qū)呈圓形，位于細(xì)胞中央，平均直徑為0.24μm，核區(qū)和細(xì)胞膜之間有較寬的原生質(zhì)區(qū)。肺炎衣原體不能體外培養(yǎng)，只能在細(xì)胞內(nèi)寄生，雞胚對(duì)其不敏感，因此一般不用雞胚傳代，而用細(xì)胞培養(yǎng)傳代，肺炎衣原體敏感的細(xì)胞株為HEP-2或H-292，離心能促進(jìn)肺炎衣原體對(duì)細(xì)胞的感染。肺炎衣原體包涵體不含糖原，碘染色陰性，在Hela細(xì)胞中的形態(tài)與鸚鵡熱衣原體十分相似，姬姆薩染色后呈深密度卵圓形，在HEP-2細(xì)胞中的包涵體，其密度和形態(tài)均多樣化，有致密的
5、、桂花樣散在的、有伸出胞外出瘤狀的、還有圓形、胞內(nèi)著色較少的包涵體。肺炎衣原體具有屬特異性抗原和種特異性抗原，屬特異性抗原主要有兩個(gè)抗原決定簇表位，一個(gè)是肺炎衣原體LPS核心多糖的第三個(gè)KDO殘基，一個(gè)是分子量為39.5KD的主要外膜蛋白（MOMP），這兩個(gè)抗原決定簇均對(duì)甲醇敏感，與其它衣原體種間存在交叉；肺炎衣原體的種特異性抗原為98KD的MOMP，該抗原對(duì)丙酮敏感，并不與沙眼衣原體和鸚鵡熱衣原體抗血清發(fā)生交叉反應(yīng)，已由種特異性單克隆抗體得到證實(shí)。到目前為止發(fā)現(xiàn)肺炎衣原體僅存在一種血清型，世界不同地區(qū)分離的肺炎衣原體不同株DNA的
6、同源性可達(dá)94%以上，其限制性內(nèi)切酶圖譜基本一致，標(biāo)準(zhǔn)株為TW-183和AR-39。肺炎衣原體毒力較低，3代之內(nèi)不能致死雞胚，小鼠鼻內(nèi)、腦內(nèi)和靜脈內(nèi)接種，不引起小鼠死亡，猴結(jié)膜內(nèi)接種，不發(fā)生濾泡性結(jié)膜炎。對(duì)藥物的抗菌譜類似其他衣原體，耐磺胺類藥物。編輯本段控制措施肺炎衣原體呼吸道感染是世界各地廣泛存在的常見病，引起地方性和流行性肺炎，無顯著的性別和地區(qū)差異，一年四季均可發(fā)生，幾乎每人一生中均受過感染，而且常常反復(fù)感染；感染是雙峰分布，第一個(gè)高峰在8-9歲，第二個(gè)高峰在70歲。潛伏期約10-65天。一般認(rèn)為肺炎衣原體感染與鳥類及其它動(dòng)
7、物無關(guān)，人是肺炎衣原體的然宿主。肺炎衣原體在硬天塑料表面能存活30小時(shí)，在草紙上能存活12小時(shí)，在手上存活時(shí)間僅10-15分鐘。因此，肺炎衣原體的傳播方式可能主要是人-人通過飛沫傳播，也可從環(huán)境中接觸后通過手自體接種，其預(yù)防措施應(yīng)與其他呼吸道傳染性疾病相同，如流行期不要在人群密集的地方停留時(shí)間過長(zhǎng)，經(jīng)常洗手等等。肺炎衣原體目前還沒有疫苗用于免疫接種。三：材料與方法：（一）材料：首先在NCBI中找到我們要的肺炎衣原體(AR39)系列和注釋。（二）方法：肺炎衣原體序列分析：利用NCBI搜索到我們要的系列；用clustalX進(jìn)行同源序列比
8、對(duì)剪切后，最后用MEGA4.0并構(gòu)建系統(tǒng)樹。（三）用具：NCBI、BLAST、CLUSTALX、MAGA（四）結(jié)果與分析：（1）從NCBI中獲得肺炎衣原體基因全長(zhǎng)序列。獲得的系列號(hào)為：AE0021611229853bpDNAcircu
