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1、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院碩士學(xué)位論文皮膚擴(kuò)張?jiān)缙趍iRNA和mRNA的變化及關(guān)鍵miRNA篩選miRNAandmRNAExpressioninEarlyStageofSkinExpansionandKeymiRNAScreening碩士生：劉文輝學(xué)號：1127239447導(dǎo)師：李青峰教授專業(yè)：外科學(xué)（整復(fù)外科）研究方向：創(chuàng)傷修復(fù)與體表器官再造項(xiàng)目基金：國家自然科學(xué)基金（No.81230042）申請學(xué)位級別：碩士培養(yǎng)單位：上海交通大學(xué)附屬第九人民醫(yī)院答辯日期2015年4月上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院碩士學(xué)位論文皮膚擴(kuò)張?jiān)缙趍iRNA和mRNA的變化及關(guān)鍵miRNA篩選摘要目的建立皮膚擴(kuò)張模型
2、，探究皮膚擴(kuò)張?jiān)缙谥衜iRNA和mRNA表達(dá)譜的變化情況。方法取6-8周SD大鼠建立擴(kuò)張模型，在擴(kuò)張?jiān)缙谌∠聰U(kuò)張皮膚，并利用未擴(kuò)張皮膚作為對照，采用AffymetrixmicroRNA3.0平臺和AffymetrixGeneChipRatGene1.0ST檢測擴(kuò)張?jiān)缙趍iRNA和mRNA的表達(dá)變化；利用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法初步篩選出表達(dá)發(fā)生變化的miRNA和mRNA，并根據(jù)差異表達(dá)的倍數(shù)篩選出表達(dá)差異較大的關(guān)鍵miRNA。采用TargetScan、miRDB和IPA數(shù)據(jù)庫對關(guān)鍵miRNA進(jìn)行靶點(diǎn)預(yù)測；利用miRNA與靶點(diǎn)mRNA數(shù)量變化呈負(fù)相關(guān)的關(guān)系初步明確擴(kuò)張?jiān)缙趍iRNA可能調(diào)控
3、的mRNA靶點(diǎn)，建立miRNA-靶mRNA的一一對應(yīng)關(guān)系。對靶點(diǎn)mRNA進(jìn)行功能分析和通路分析，明確擴(kuò)張?jiān)缙陉P(guān)鍵miRNA-靶mRNA-通路的對應(yīng)關(guān)系。結(jié)果篩選出了11個(gè)滿足統(tǒng)計(jì)學(xué)差異和表達(dá)倍數(shù)變化的miRNA，明確了miRNA-靶mRNA之間的相互作用關(guān)系；這些miRNA調(diào)控的靶點(diǎn)參與TGF-βSignaling、ApoptosisSignaling和PDGFSignaling等通路。結(jié)論本研究篩選出了11個(gè)皮膚擴(kuò)張?jiān)缙诘年P(guān)鍵miRNA，調(diào)控?cái)U(kuò)張過程中的關(guān)鍵通路，這些miRNA可作為調(diào)控皮膚早期擴(kuò)張的靶點(diǎn)。關(guān)鍵詞皮膚擴(kuò)張miRNAmRNA通路分析上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院碩士學(xué)位
4、論文miRNAandmRNAExpressioninEarlyStageofSkinExpansionandKeymiRNAScreeningAbstractObjectiveToestablishearlystagemodelofskinexpansion;todeterminethemiRNAandmRNAexpressioninearlystageofskinexpansion.Methodearlyskinexpansionmodelwasestablishedusing6-8weeksSDrat.Expandedskinsamplesweretakeninthee
5、arlystageandunexpandedskinwasusedascontrol.AffymetrixmicroRNA3.0andAffymetrixGeneChipRatGene1.0STwereundertakentorevealthemiRNAandmRNAexpressionchangeduringearlyexpansionstage.StatisticanalysiswasappliedtofiltratedifferentiallyexpressedmiRNAandmRNA,foldchangeofmiRNAswasalsocalculatedtodete
6、rminekeymiRNAs.TargetScan,miRDBandIPAwereappliedtopredicttargetsofthesekeymiRNAs.NegativecorrelationbetweenmiRNAandmRNAwasusedtodeterminetherealtargetofkeymiRNAsintheearlystageofexpansion.Result11keymiRNAwasdetectedandcorrespondingrelationbetweenmiRNAsandtheirtargetswasalsodetermined.These
7、keymiRNAsregulatepathwayslikeTGF-βSignaling、ApoptosisSignalingandPDGFSignaling.ConclusionPresentstudydetermined11keymiRNAsintheearlystageofskinexpansionandtheyregulatepathwaysplayanimportantroleinskinexpansion.ThesekeymiRNAscouldserveastargetstoimproveexpansio
