mapqtl中文使用說明書.doc

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1、1.新建一個空白文件，就是最后的保存文件，名字可以隨便命名。2.導(dǎo)入三個文件，可以從Demo文件里面拷過來，三個文件名字必須保持一致，只需要進行修改里面的內(nèi)容。第一個是map文件，即通過joinmap或mapmaker軟件計算出的各連鎖群上位點的結(jié)果，和mapchart輸入的文件是一樣的。如下圖：第二個是loc文件，如下圖：其中，popt是群體的類型，nind是群體數(shù)量，nloc是標記的位點數(shù)。此時要注意各位點的順序必須與map文件的順序一致。這里有個小訣竅，可以將map文件中的各位點拷到excel中，刪掉group

2、和數(shù)字等字符，然后點擊‘工具’——‘選項’——‘自定義序列’將剛才的順序定義為一個順序，然后選中所有位點的數(shù)據(jù)文件，點擊‘數(shù)據(jù)’——‘排序’——‘選項’，在自定義排序里面選擇剛才定義的序列，這樣選中的序列就按要求排好了。對于帶型的寫法，不同群體是不同的，可以參看mapqtl中的說明。第三個是qua文件，也就是數(shù)量性狀的文件，如下圖：其中，nind仍然是群體的個數(shù)，ntrt是數(shù)量性狀的個數(shù)，這里由于把單株號也當成數(shù)據(jù)了，所以ntrt就是實際數(shù)量性狀的個數(shù)加1。對于丟失的數(shù)據(jù)用‘*’代替。3.數(shù)據(jù)文件準備好后，就是導(dǎo)入，

3、在mapqtl軟件的右邊有三個欄，在population欄下加載loc和qua文件，在maps欄下，加載map文件，然后空格鍵單擊選中三個文件，在菜單欄的空白檔處選擇計算方法，例如intervalmapping或者MQMmapping，然后可以看到計算的功能恢復(fù)了，點擊計算的小圖標。4.經(jīng)過一會計算后，結(jié)果就出來了，里面有qtl位點的染色體位置、LOD值、貢獻率（%Expl）、和加性效應(yīng)等，而且旁邊可以看到LOD的示意圖（resultchart）。5.然后根據(jù)結(jié)果可以在mapchart里面畫圖，或者直接在photos

4、hop里面畫。