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《胃癌相關新基因的克隆及生物信息學分析》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關內(nèi)容在學術論文-天天文庫。
1、分類號密級UDC編號碩士學位論文胃癌相關新基因的克隆及生物信息學分析研究生姓名：董娟慧指導教師姓名、職稱：賀修勝教授學科、專業(yè)名稱：病理學與病理生理學研究方向：胃癌發(fā)病易感分子機制2013年4月1南華大學學位論文原創(chuàng)性聲明本人聲明，所呈交的學位論文是本人在導師指導下進行的研究工作及取得的研究成果。盡我所知，除了論文中特別加以標注和致謝的地方外，論文中不包含其他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果，也不包含為獲得南華大學或其他單位的學位或證書而使用過的材料。與我共同工作的同志對本研究所作的貢獻均已在論文中作了明確的說
2、明。本人完全意識到本聲明的法律結果由本人承擔。作者簽名：年月日南華大學學位論文版權使用授權書本學位論文是本人在南華大學攻讀碩（博/碩）士學位期間在導師指導下完成的學位論文。本論文的研究成果歸南華大學所有，本論文的研究內(nèi)容不得以其它單位的名義發(fā)表。本人同意南華大學有關保留、使用學位論文的規(guī)定，即：學校有權保留學位論文，允許學位論文被查閱和借閱；學?？梢怨紝W位論文的全部或部分內(nèi)容，可以采用復印、縮印或其它手段保留學位論文；學?？筛鶕?jù)國家或湖南省有關部門規(guī)定送交學位論文。同意學校將論文加入《中國優(yōu)秀博碩士學位論
3、文全文數(shù)據(jù)庫》，并按《中國優(yōu)秀博碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫出版章程》規(guī)定享受相關權益。同意授權中國科學信息技術研究所將本學位論文收錄到《中國學位論文全文數(shù)據(jù)庫》，并通過網(wǎng)絡向社會公眾提供信息服務。對于涉密的學位論文，解密后適用該授權。作者簽名：導師簽名：年月日年月日2課題資助項目湖南省自然科學基金項目（課題編號：04C0101）湖南省自然科學基金項目（課題編號：09JJ3071）湖南省教育廳基金項目（課題編號：08A060）3目錄一、中文摘要……………………………………………………1二、英文摘要……………………
4、………………………………3三、論文正文前言…………………………………………………………5技術路線……………………………………………………7材料與方法…………………………………………………8實驗結果……………………………………………………16討論…………………………………………………………33結論…………………………………………………………38四、參考文獻……………………………………………………39五、綜述…………………………………………………………42六、附錄一………………………………………………………54
5、七、附錄二………………………………………………………54八、附錄三………………………………………………………55九、致謝…………………………………………………………564胃癌相關新基因的克隆及生物信息學分析研究生：董娟慧導師：賀修勝教授中文摘要目的：從胃癌高頻率雜合性缺失區(qū)域8p21著手，克隆染色體8p21-22區(qū)域EST(DA931869)所代表的胃癌相關新基因，初步分析預測該基因的結構及編碼的蛋白質分子與功能，為進一步鑒定胃癌發(fā)病相關新基因奠定堅實的工作基礎。方法：收集42例胃癌手術切除新鮮標本，切取胃
6、癌組織為實驗組，以遠離癌組織(≥5cm)胃黏膜組織作為正常對照組，所有樣本均經(jīng)病理學確診，分別提取胃癌及正常胃黏膜組織總RNA，運用RT-PCR方法驗證EST的表達水平；將EST作為起始序列，通過BLAST分析dbEST數(shù)據(jù)庫，進行電子克?。╥nsilicocloning），以DNASTAR軟件進行序列拼接與延伸，獲得該基因的全長cDNA序列；采用生物信息軟件，預測該cDNA序列的開放閱讀框，染色體定位，及其所編碼的蛋白質同源性分析，二級結構及其功能預測等；運用染色體步移(Chromosomewalking
7、)技術實驗驗證EST所代表的未知基因全長序列。結果：RT-PCR驗證結果：EST在42例胃癌組織中陽性表達率為40.48%(17/42)，在正常胃黏膜組織中陽性表達率為83.33%（35/42），兩者差異有統(tǒng)計學意義（p<0.05）。電子克隆及基因結構預測結果：將EST通過BLAST進行dbEST數(shù)據(jù)庫檢索,尋找同源序列進行拼接延伸，第一次延伸往3’端方向延長87bp，隨后往5’端方向依次延長443bp、343bp、421bp和473bp，經(jīng)五次延伸拼接之后，此cDNA序列達最大長度為2326bp。將該cD
8、NA序列與人類基因組草圖大規(guī)模測序數(shù)據(jù)庫中的序列NT-167187.1進行比較分析，將此cDNA精確定位于8p21，在染色體上跨度770Kbp（24,080-24,850Kbp），由3個外顯子和2個內(nèi)含子組成。ORFFINDER在線軟件預測最大開放閱讀框長度為354bp，編碼117個氨基酸，起始密碼子預測分值為0.78。在線軟件預測分析結果顯示，于序列367位堿基發(fā)現(xiàn)TATA盒信號：TGTATAAAAA；加尾信號
