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《桑樹轉(zhuǎn)錄組測序及ssr標記的開發(fā)與鑒定》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關內(nèi)容在學術(shù)論文-天天文庫。
1、摘要摘要中國是世界絲綢業(yè)的發(fā)源地，蠶桑生產(chǎn)有著五千多年的悠久歷史。桑葉作為家蠶僅有的食物來源，是生產(chǎn)蠶繭、生絲的物質(zhì)基礎。近年來，桑樹不僅在傳統(tǒng)蠶桑產(chǎn)業(yè)發(fā)揮著重要作用，而且桑樹資源的綜合利用也得到了迅速發(fā)展。桑樹可用于防風固沙、園林綠化，桑葉可作為中藥材及動物飼料，桑果可用于果汁果酒加工，桑枝桑根也是中藥材的一種，桑樹在多個產(chǎn)業(yè)中展現(xiàn)出巨大的開發(fā)潛力和經(jīng)濟效益。中國幅員遼闊，生態(tài)環(huán)境復雜，氣候多變，桑樹廣泛分布在中國各地區(qū)。桑樹因分布廣泛，地理環(huán)境各異，在經(jīng)過長期物種選擇后形成了豐富多樣的種質(zhì)資源。隨著分子生物學的發(fā)展，利用分子學的方法研究桑樹種質(zhì)成為了當
2、前熱門的研究方向。本研究對桑樹品種“抗青10號”的根和葉進行高通量轉(zhuǎn)錄組測序研究和生物信息學分析。基于轉(zhuǎn)錄組信息分析，開發(fā)和篩選SSR分子標記，為桑樹核心種質(zhì)的建立、遺傳多樣性分析、遺傳圖譜的構(gòu)建等提供理論和技術(shù)支持。本文研究的主要結(jié)論如下：（1）通過對桑品種“抗青10號”根和葉進行Illumina高通量測序，共得到105,000,000個90bp的reads，拼接后獲得60,069個Unigene，總長度為47.63Mb。所有的Unigene在Nr、GO、COG、Swissprot等已知蛋白庫中進行比對，結(jié)果顯示42,218個unigenes成功匹配，有
3、31,548個Unigene注釋分為55個GO功能分類，7,790個是同源分類組，23,188個被分為128個生物代謝途徑。功能分類的結(jié)果顯示，大量基因參與次生代謝反應過程，尤其是黃酮類、萜類、生物堿的生物合成過程。（2）基于桑樹轉(zhuǎn)錄組共開發(fā)了10,268個SSR分子標記，并根據(jù)其序列特征設計SSR引物。從中隨機挑選出100對SSR引物進行PCR擴增驗證實驗，瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果顯示87對引物可以擴增出產(chǎn)物。其中，58對引物擴增的片段大小與預期片段大小一致，26對引物擴增的片段長于預期片段，3對引物擴增的片段短于預期片段。進一步利用聚丙烯酰胺凝膠分析，結(jié)果顯
4、示大多數(shù)引物擴增的條帶數(shù)都是1，擴增條帶數(shù)>2的引物所涵蓋的SSR基序重復次數(shù)都>3。綜上所述，利用轉(zhuǎn)錄組測序得到的EST數(shù)據(jù)庫開發(fā)的EST-SSR引物是可行、高效的，可用于桑樹遺傳結(jié)構(gòu)、遺傳多樣性分析及連鎖圖譜的構(gòu)建。關鍵詞：桑樹；轉(zhuǎn)錄組測序；微衛(wèi)星；開發(fā)I江蘇科技大學農(nóng)學碩士學位論文AbstractChinaisthebirthplaceoftheworld'ssilkindustry,andsericultureproductionhasfivethousandyearshistory.Themulberryleafactsasthesolefood
5、ofsilkworm,whichisthematerialbasisofcocoonsandsilkproduction.Inrecentyears,mulberrynotonlyplaysanimportantroleinthetraditionalsericultureindustry,butalsodevelopsrapidlyincomprehensiveutilizationofmulberryresource.Mulberrycanbeusedfordefensingwindandsand,landscaping;mulberryleavesc
6、anbeusedasherbalmedicinesandanimalfeed;mulberryfruitcanbeusedforfruitjuiceandwineprocessing;mulberrybranchandrootisoneoftheherbalmedicines,too.Inbrief,mulberryshowsgreatpotentialsandeconomicbenefitsinmanyindustries.Chinaisalargecountrywithdiverseecologicalenvironmentandclimatechar
7、acteristics,mulberryresourcedistributeswidelyinvariousregionsofChina.Becauseofitswidedistributionandhasdiversegeographicalenvironment,mulberryformsarichanddiversegermplasmresourceafteralongtimespeciesevolution.Recently,withthedevelopmentofmolecularbiology,researchinmulberrygermpla
8、smusingmolecularmethodshasbecomea
