轉(zhuǎn)錄組測序及ESTSSR引物開發(fā)

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1、轉(zhuǎn)錄組測序及EST-SSR引物開發(fā)轉(zhuǎn)錄組測序基本原理種子無菌苗的制備1.種子滅菌2.培養(yǎng)基配置（MS或1/2MS，控制好PH值）3.無菌苗培育（叢生芽誘導(dǎo)、叢生芽增殖）先暗培養(yǎng)，種子發(fā)芽后進(jìn)行光照培養(yǎng)樣品需求量（單次）：≥20ug；樣品濃度≥250ng/uLEST-SSR引物開發(fā)原始序列數(shù)據(jù)↓Cleanreads↓Unigenes組裝↓UnigenesSSR分析←質(zhì)控、數(shù)據(jù)過濾EST：ExpressedSequenceTags，即表達(dá)序列標(biāo)簽，指從cDNA文庫中隨機(jī)挑取單克隆測序所獲得的序列片段，序列長度一般約為60-500bp，由于cDNA的5’端或3’端的有限序

2、列可特異性地代表一個(gè)基因，故稱為“表達(dá)序列標(biāo)簽”。特點(diǎn)：EST作為表達(dá)基因所在區(qū)域的分子標(biāo)簽，因編碼DNA序列高度保守而具有自身的特殊性質(zhì)，與來自非表達(dá)序列的標(biāo)記（如RAPD、SSR、AFLP等）相比，更有可能突破家系與種的限制。因此，EST標(biāo)記在親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的物種間具有更重要的意義。(1)轉(zhuǎn)錄組序列SSR位點(diǎn)的查找與引物設(shè)計(jì)；(2)SSR標(biāo)記引物的設(shè)計(jì)和評價(jià)；(3)SSR-PCR反應(yīng)體系的優(yōu)化和引物篩選；(4)進(jìn)行遺傳多樣性和群體遺傳學(xué)分析;杜仲EST-SSR引物開發(fā)及遺傳多樣性研究1.自主開發(fā)了杜仲SSR引物設(shè)計(jì)合成了114對引物，其中13對引物多態(tài)性高、穩(wěn)定性

3、好2.檢測了杜仲SSR位點(diǎn)的遺傳多樣性通過等位基因、有效等位基因數(shù)、期望雜合度和觀測雜合度等參數(shù)來表明杜仲受到遺傳漂變、突變、遷移和選擇等進(jìn)化因子的干擾從而說明杜仲受到了自然選擇、近交、人工選擇等諸多因素的影響。3.對種群的遺傳結(jié)構(gòu)和聚類結(jié)果進(jìn)行分析，獲得群落間的親緣關(guān)系EST-SSR標(biāo)記技術(shù)在植物學(xué)研究中的應(yīng)用1.EST-SSR在種間屬內(nèi)的通用性很好2.EST-SSR可用于種子資源遺傳多樣性研究3.EST-SSR可用于遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建謝謝大家