est-ssr標(biāo)記開發(fā)及蓮種質(zhì)資源遺傳多樣性分析

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1、學(xué)校代碼；１０２７０分類號(hào)：Ｑ９４學(xué)號(hào)；１２２２００８５２上獸啼絶乂爹碩±學(xué)位論文ＥＳＴ－ＳＳＲ標(biāo)記開發(fā)及蓮種質(zhì)資源遺傳多樣性分析學(xué)院：生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院專業(yè)：植物學(xué)硏究方向：植物生理與分子生物學(xué)研究生姓名；徐玉仙指導(dǎo)教師；田代科研究員曹建國(guó)教授完成日期：２０１５年４月碩±學(xué)位論文ＥＳＴ－Ｓ化標(biāo)記開發(fā)及蓮種質(zhì)資源遺傳多樣性分析上海師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院二零一五年四月Ｍａｓ化ｒＤｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎＩＤｅｖｅｌｏｍｅｎｔｏｆＳＳＲＭａｒｋｅ

2、ｒｓａｎｄＴｈｅｉｒｐＵｔｉｌｉｚａｔｉｏｎｉｎＧｅｎｅ村ｃＤｉｖｅｒｓｉｔ乂ｎａｌｓｉｓｏｆｙｙＮｅｌｕｍｂｏＣｏｌｌｅｅｏｆＬｉｆｅａｎｄＥｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔＳｃｉｅｎｃｅｓｇ，ＳｈａｎｇｈａｉＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＡｐｒｉｌ２０１５上海師范大學(xué)碩±學(xué)位論文摘要－論文題目；ＥＳＴＳＳＲ標(biāo)記開發(fā)及蓮種質(zhì)資源遺傳多樣性分析學(xué)科專業(yè)：植物學(xué)學(xué)位申請(qǐng)人：徐玉仙指導(dǎo)教師：田代科研究員曹建國(guó)教授摘要一、蓮又稱荷花，是被子植物中起源最早的植物之，全身皆是寶

3、，集食用藥一用、觀賞于身。蓮栽培歷史悠久，品種繁多，但很多栽培品種的分類不科學(xué)、親緣關(guān)系不清楚一些野生居，完全依靠傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)很難進(jìn)行準(zhǔn)確分類；另外，。群也大多在額危處境，急需開展科學(xué)評(píng)價(jià)和有效保護(hù)雖然，近年來(lái)分子標(biāo)記對(duì)一些研究－ＳＳＲ其遺傳多樣性及親緣關(guān)系等進(jìn)行了，但是，至今利用ＥＳＴ標(biāo)記進(jìn)。行蓮種質(zhì)資源的遺傳多樣性方面的報(bào)道非常有限，且標(biāo)記數(shù)很少本研究Ｗ蓮花ＳＳ艮８０－ＳＳＲ引物蕾轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)進(jìn)行標(biāo)記開發(fā)，并利用對(duì)高多態(tài)性的ＥＳＴ對(duì)１３９份蓮種質(zhì)資源進(jìn)行了遺傳多樣性分析。主要研究結(jié)果如下：１ｕｎｅｎｅ

4、ｓ－．蓮花蕾轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的６８５９３《ｉｇ為基礎(chǔ)進(jìn)行ＥＳＴ化Ｒ標(biāo)記，開發(fā)，共查找到６０８６個(gè)Ｓ漲位點(diǎn)，分布在５４８２條ｕｎｉｇｅｎｅｓ序列上，發(fā)生頻率一為８．０％；平均每隔５．７此就發(fā)現(xiàn)個(gè)ＳＳＲ位點(diǎn)，其分布頻率為８．９％。在５２２６個(gè)ＳＳＲ位點(diǎn)（去除單堿基重復(fù)標(biāo)記）中主要的重復(fù)類型為二、蘭核巧酸重復(fù)，出現(xiàn)頻率分別為６５．２％、３１．７％；其中在二核巧酸重復(fù)類型中，ＡＧ／ＣＴ是最常見(jiàn)重復(fù)單元，約占５７．９％，Ｈ核巧酸重復(fù)類型中最常見(jiàn)重復(fù)單元是ＧＡＡ／ＡＧＡ／ＡＡＧ，為１３．３％。利用ＭＩＳＡ和Ｐｒｉｍｅｒｐｒｅｍ

5、ｉｅｒ３．０平臺(tái)開發(fā)了３０巧個(gè)ＳＳ民引物，并選—擇合成了５７５對(duì)ＥＳＴ－Ｓ漲引物片段大小在２００２２０ｂ，經(jīng)初步篩選共得到有（ｐ）一擴(kuò)增產(chǎn)物的５１４對(duì)（８９．４％），進(jìn)步篩選共得到有多態(tài)性的引物２１７對(duì)（４２．２％）。２－．通過(guò)利用從本試驗(yàn)開發(fā)的ＥＳＴＳ化引物中篩選出的８０對(duì)擴(kuò)增穩(wěn)定、高多３９態(tài)性的引物對(duì)１份荷花品種進(jìn)行擴(kuò)增，共擴(kuò)增出２８７條多態(tài)性條帶，每對(duì)引物的等位基因數(shù)為２－９個(gè)，平均３．６態(tài)性信息量（ＰＩＣ）的范圍個(gè)；每對(duì)引物的多０－－．５８０．於０．７９。這表明本試驗(yàn)所ＥＳＴＳＳＲ；平均為篩選的引物具有

6、較高的多態(tài)。性，可Ｗ有效地用于蓮種質(zhì)資源的遺傳多樣性分析研究３ＮＴＳＹＳ２１３９．根據(jù)擴(kuò)増結(jié)果利用．１１軟件進(jìn)行Ｊａｃｃａｒｄ相似性系數(shù)分析，份荷花材料的遺傳相似系數(shù)為０－．１６０．９５通過(guò)ＵＰＧＭＡ法進(jìn)行聚類分析，在遺；傳相似系數(shù)為０．３９時(shí)，供試荷花材料可分為４大類群：Ｉ類群為美洲蓮品種；ＩＩＩ摘要上海師范大學(xué)碩±學(xué)位論文類群包括了大部分的亞美雜交蓮品種；大部分的亞洲蓮品種均聚類在ｍ、ＩＶ類群中，并且亞美雜交蓮品種與亞洲蓮品種親緣關(guān)相對(duì)較近，這與傳統(tǒng)分類結(jié)果及一前人研究相致。本研究通過(guò)轉(zhuǎn)錄組序

7、列開發(fā)大量ＥＳＴ－ＳＳＲ標(biāo)記且通過(guò)蓮種質(zhì)資源的遺，并傳多樣性的分析，了解其遺傳背景及親緣關(guān)系，為今后蓮種質(zhì)資源分類、品種鑒定－ＳＳ民、保護(hù)利用等奠定理論基礎(chǔ)及提供實(shí)踐參考。開發(fā)的ＥＳＴ標(biāo)記將促進(jìn)蓮遺傳圖譜構(gòu)建、基因定位及克隆、分子標(biāo)記輔助育種及遺傳多樣性分析等方面研究的快速發(fā)展。－關(guān)鍵詞：蓮轉(zhuǎn)錄組ＥＳＴＳ漲緣關(guān)系：；；標(biāo)記開發(fā)；遺傳多樣性；親ＩＩＳｈａｎｇｈａｉＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔＭａｓｔｅｒｏｆＰｈｉｌｏｓｏｈｙＡｂｓｔｒａｃｔｙｐＴｈｅｓｉｓｔｏｐｉｃ；Ｄｅｖｅｌｏｍｅｎｔｏｆ

8、ＳＳ民ＭａｒｋｅｒｓａｎｄＴｈｅｉｒＵｔｉｌｉｚａｔｉｏｎｉｎＧｅｎｅｔｉｃｐＤｉｖｅｒｓｉｔＡｎａｌｓｉｓｏｆＴＶｅ／謂ｙｙＰｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌ