基于轉(zhuǎn)錄組的泥東風(fēng)螺est-ssr標(biāo)記開(kāi)發(fā)及遺傳多樣性分析

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1、ｎｎｎｉｉ＾ｎｎｍ＾’＂旨古學(xué)位論文基于轉(zhuǎn)錄組的泥東風(fēng)螺ＥＳＴ－ＳＳ民標(biāo)記開(kāi)發(fā)及遺傳多樣性分析研究化姓名熊鋼指導(dǎo)教師下曉淸教授巧山南研究另－學(xué)利－心化水化塵物學(xué)’／Ｉ｛川）Ｌ／向遺化食利－－！〇五年一Ｊ１Ｉ１分類(lèi)號(hào)密級(jí)ＵＤＣ單位代碼１０５３７湖齋農(nóng)皮乂緣媒女緣您俗Ａ基于轉(zhuǎn)錄組的泥東風(fēng)螺ＥＳＴ－ＳＳ民標(biāo)記開(kāi)發(fā)及遺傳多樣性分析ＥＳＴ－ＳＳ民ＭａｒｋｅｒＤｅｖｅｍｅｎｔａｎｄｌｏｐＧｅｎｅｔｉｃＤｉｖｅｒｓｉｔＡｎａ

2、ｌｓｉｓｙｙＢａｓｅｄｏｎＴｒａｎｓｃｒｉｐ１；ｏｍｅｏｆ公口卸／ｏｎ／口口研究生姓名熊鋼指導(dǎo)教師王曉清教授曾志南研究其學(xué)科專(zhuān)業(yè)水生生物學(xué)研究方向遺傳育種論文答辯日期２０１５．１２．２１觀矮員會(huì)主席劉少軍論文評(píng)閱人張建社、李琪、王昭萍、黃凱、李文紅二０—五年十二月獨(dú)創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的論文是我個(gè)人在指導(dǎo)教師指導(dǎo)下進(jìn)行的研究工作及取得的研巧成果，除Ｔ文中特別加Ｗ標(biāo)注和致謝的地方外，論文中不包含。盡我所知其他人己經(jīng)發(fā)表或撰寫(xiě)過(guò)的研巧成果，也不包含為獲得湖

3、南農(nóng)業(yè)大學(xué)或其它教育一機(jī)構(gòu)的學(xué)位或證書(shū)而使用過(guò)的材料。與我同工作的同志對(duì)本研究所做的任何貢獻(xiàn)均己在論文中作了明確的說(shuō)明并表示了謝意。研究生簽名：時(shí)間；－ＺＯＬＴ年ａ月＊＾１日關(guān)于論文使用授權(quán)的說(shuō)明，目Ｐ本人完全了解湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定：學(xué)校有權(quán)保留送交論文的復(fù)印件和磁盤(pán)，允許論文被查閱和借閱，可Ｗ采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存、匯編學(xué)位論文。同意湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)可Ｗ用不同方式在不同媒體上發(fā)表、傳播學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容，并同意將由此產(chǎn)生的收益捐贈(zèng)給學(xué)校教育基金會(huì)用于

4、發(fā)展研究生教育。（保密的學(xué)位論文在解密后應(yīng)遵守此協(xié)議）；又ｏｉｒ研究生簽名：時(shí)間年Ｕ月日廢、指導(dǎo)教師簽名；日；時(shí)間皮年蝴＾搞要泥東風(fēng)螺（公口、妙俗稱(chēng)黃螺，在中國(guó)主要分布于海南廣西、廣東和福建等地，為廣鹽性、廣溫性貝類(lèi)。因其肉質(zhì)鮮美，營(yíng)養(yǎng)豐富，近幾年已成為國(guó)內(nèi)十分暢銷(xiāo)的優(yōu)質(zhì)海產(chǎn)巧類(lèi)，并Ｗ其生長(zhǎng)快、價(jià)格高等優(yōu)點(diǎn)，已開(kāi)發(fā)成海水養(yǎng)殖新種類(lèi)。但因環(huán)境變化及過(guò)度捕探使野生泥東風(fēng)螺資源銳減，我國(guó)農(nóng)業(yè)部設(shè)立公益性科研專(zhuān)項(xiàng)項(xiàng)目Ｗ期恢復(fù)和保護(hù)泥東風(fēng)螺資源一。本研究利用新代高通量測(cè)序技術(shù)獲得泥東風(fēng)螺的

5、－－轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，從中發(fā)掘ＥＳＴＳＳ民標(biāo)記及含有ＥＳＴＳＳＲ序列的生長(zhǎng)相關(guān)基因，并測(cè)定了泥東風(fēng)螺線(xiàn)粒體全基因組序列然后利用開(kāi)發(fā)的ＥＳＴ－ＳＳ民標(biāo)記和線(xiàn)粒；體標(biāo)記基因測(cè)序對(duì)野生群體進(jìn)行遺傳結(jié)構(gòu)與遺傳多樣性分析，Ｗ開(kāi)發(fā)的標(biāo)記對(duì)人工養(yǎng)殖Ｆｉ代群體進(jìn)行生長(zhǎng)性狀與ＥＳＴ－ＳＳ民標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析，尋找生長(zhǎng)相關(guān)的分子標(biāo)記，期為泥東風(fēng)螺種質(zhì)資源保護(hù)、人工增殖效果評(píng)估和分子標(biāo)記輔助選育提供參考。主要研究結(jié)果如下研究結(jié)果如下：１、基于高通量測(cè)序的泥東風(fēng)螺轉(zhuǎn)錄姐分析利用高通量測(cè)序技術(shù)從泥東風(fēng)螺腹足和巧膜腺混合ＲＮＡ樣

6、本中獲得１１９１１３，條高質(zhì)量Ｕｎｅｎｅｓ－１Ｕｎｉｉｇ，篩選得到＆９６２個(gè)ＥＳＴＳＳＲ，共有０９，３５９個(gè)ｇｅｎｅｓ獲得了ＧＯ信息，分析到８，２７２個(gè)ｉｓｏｔｉｇ注釋上了ＥＣ，參與了Ｚ３２個(gè)通路，為泥東風(fēng)螺基因研究和ＥＳＴ－ＳＳ民標(biāo)記開(kāi)發(fā)提供了重要資源。２－、含ＥＳＴＳＳ民序列的生長(zhǎng)相關(guān)基因發(fā)掘及克隆從獲得的泥東風(fēng)螺轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中發(fā)掘到７個(gè)含ＥＳＴ－ＳＳ民序列的生長(zhǎng)相關(guān)基因，采＇用ＲＡＣＥ技術(shù)擴(kuò)增到其中的ＴＢＣ－－Ａ１基因，但在３非編碼區(qū)并未發(fā)現(xiàn)該重復(fù)序列，推斷可能存在該家簇蛋白中的另一同

7、型異構(gòu)體。３、人工養(yǎng)殖Ｆ１代泥東風(fēng)螺生長(zhǎng)性狀相關(guān)性分析對(duì)人工養(yǎng)殖Ｆ１代泥東風(fēng)螺生長(zhǎng)性狀分析發(fā)現(xiàn)除體螺層高與螺旋部高之外，其它性狀之間均存在正相關(guān)，對(duì)螺重影響由強(qiáng)到弱依次為殼寬、殼曰寬、體螺層高和螺旋部高，這可作為泥東風(fēng)螺生長(zhǎng)性狀選育參考指標(biāo)。－４、泥東風(fēng)螺ＥＳＴＳＳＲ標(biāo)記開(kāi)發(fā)從野生泥東風(fēng)螺個(gè)體中開(kāi)發(fā)了具多態(tài)性的位點(diǎn)５３個(gè)，位點(diǎn)的等位基因數(shù)量在２至７之間，平均觀測(cè)雜合度（斯）為０．４８１３，平均期望雜合度為（／／句為０．４８３２，平均多態(tài)信息含量（戶(hù)把）為化４６８２，這表明野生個(gè)體之間遺傳多樣

8、性偏低。Ｉ－本研究得到海洋公益性行業(yè)科研專(zhuān)項(xiàng)基金（編號(hào)：２０１２０日０２１１）資助湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)博±學(xué)位論文５、泥東風(fēng)螺野生群體遺傳多樣性分析－ＳＳ民標(biāo)記引物對(duì)廣西北海利用開(kāi)發(fā)的ＥＳＴ、福建連江和福建長(zhǎng)樂(lè)３個(gè)野生群體研．１，連江究發(fā)現(xiàn)：北海與連江和北海與長(zhǎng)樂(lè)野生群體遺傳距離