福氏志賀菌基因組分析及耐藥機(jī)理研究

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1、密級(jí)：論文編號(hào):中囯農(nóng)生科學(xué)院學(xué)位論文福氏志賀菌基因組分析及耐藥機(jī)理研究TheGenomeAnalysisandStudyofResistanceMechanisminShigellaFlexneri碩士研究生：朱陣指導(dǎo)教師：張繼瑜研宄員申請(qǐng)學(xué)位類別：獸醫(yī)碩士專業(yè)領(lǐng)域名稱：獸醫(yī)培養(yǎng)單位：蘭州畜牧與獸藥研宄所中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院研宄生院提交日期：2015年4月獨(dú)創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的論文是我個(gè)人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行的研宄工作及取得的研宄成果。盡我所知，除了文中特別加以標(biāo)注和致謝的地方外，論文中不包含其他人己經(jīng)發(fā)表或撰寫過(guò)的研究成果，也不包含為獲得中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院或其它教育機(jī)構(gòu)的學(xué)位或證書而

2、使用過(guò)的材料。與我一同工作的同志對(duì)本研究所做的任何貢獻(xiàn)均己在論文中作了明確的說(shuō)明并表示了謝意。研宄生簽名：時(shí)間：％/r年、月上1曰關(guān)于論文使用授權(quán)的聲明本人完全了解中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定，即：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院有權(quán)保留送交論文的復(fù)印件和磁盤，允許論文被查閱和借閱，可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存、匯編學(xué)位論文。同意中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院可以用不同方式在不同媒體上發(fā)表、傳播學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容。研究生簽名：時(shí)間：％丨r年r月:M曰中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文評(píng)閱人、答辯委員會(huì)簽名表論文題目福氏志賀菌基因組分析及耐藥機(jī)理研究獸醫(yī)藥理與毒論文作者朱陣專業(yè)獸醫(yī)碩士研究方

3、向理學(xué)指導(dǎo)教師張繼瑜培養(yǎng)單位（研宄所)蘭州畜牧與獸藥研究所姓名職稱碩（博）單位專業(yè)簽名評(píng)劉云教授博導(dǎo)東北農(nóng)業(yè)大學(xué)基礎(chǔ)獸醫(yī)學(xué)閱李繼昌教授博導(dǎo)東北農(nóng)業(yè)大學(xué)臨床獸醫(yī)學(xué)人答辯主席中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院蘭州柳紀(jì)省研究員碩導(dǎo)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)獸醫(yī)研宄所中國(guó)科學(xué)院蘭州化學(xué)秦波研究員博導(dǎo)生物化學(xué)物理研究所中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院蘭州劉永生研究員博導(dǎo)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)獸醫(yī)研宂所答張勇教授博導(dǎo)甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)臨床獸醫(yī)學(xué)辯中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院蘭州梁劍平研宄員博導(dǎo)獸藥學(xué)畜牧與獸藥研宄所委中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院蘭州李劍勇研究員陴導(dǎo)基礎(chǔ)獸醫(yī)學(xué)1*1畜牧與獸藥研究所貝袁莉剛教授碩導(dǎo)甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)基礎(chǔ)獸醫(yī)學(xué)會(huì)議記錄（秘書）周磊論文答辯時(shí)間地點(diǎn)2015年5月15日

4、中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院竺州畜牧與獸藥研究所Secrecy:NO.ChineseAcademyofAgriculturalSciencesDissertationTheGenomeAnalysisandStudyofResistanceMechanisminShigellaFlexneriM.S.Candidate:ZhuZhenSupervisor:Prof.ZhangJiyuDegree:MasterofVeterinarianSpecialty:VeterinarypharmacologyandtoxicologyApril2015摘要志賀氏菌病又稱細(xì)菌性痢疾，是一種具有高度傳染性

5、和嚴(yán)重危害性的腸道傳染病，嚴(yán)重危害人類的健康和生命安全，在我國(guó)流行的優(yōu)勢(shì)菌株為福氏志賀菌2a型，其主要感染人群為5歲以下的兒童和免疫障礙的人群。世界衛(wèi)生組織推薦治療菌痢的首選藥物為環(huán)丙沙星，其次為頭抱曲松和匹美西林。本文采用臨床常用的環(huán)丙沙星、頭孢曲松和一種廣譜抗生素四環(huán)素分別誘導(dǎo)福氏志賀菌301株產(chǎn)生耐藥性，然后對(duì)菌株基因組測(cè)序，從而在基因組水平研究其耐藥機(jī)理。1.根據(jù)GeneBank中發(fā)表的各志賀菌血清型特性基因ipaH(M32063)、gtrⅡ(AF021347)、gtrⅩ(L05001)、R002(AF250878)組成多重PCR體系，用于福氏志賀菌301株的驗(yàn)證，能夠

6、在多種細(xì)菌中快速、靈敏、特異的檢測(cè)出福氏志賀菌301株，不僅為之后實(shí)驗(yàn)過(guò)程中保證菌株不受污染奠定了基礎(chǔ)，同時(shí)創(chuàng)造出了一種快速檢測(cè)分離志賀菌的有效方法。2.利用一系列梯度濃度的環(huán)丙沙星、頭孢曲松、四環(huán)素對(duì)福氏志賀菌標(biāo)準(zhǔn)株分別誘導(dǎo)后其MIC分別為64μg/mL、64μg/mL、128μg/mL，均已達(dá)到耐藥水平。依據(jù)各抗生素誘導(dǎo)菌株MIC增長(zhǎng)曲線我們選定福氏志賀菌301株標(biāo)準(zhǔn)菌進(jìn)行denovo測(cè)序，環(huán)丙沙星、四環(huán)素誘導(dǎo)的5、7、10代和頭孢曲松誘導(dǎo)的5、9、10代進(jìn)行重測(cè)序。3.denovo測(cè)序共產(chǎn)生732Mb數(shù)據(jù)，組裝后經(jīng)基因組組分分析得到4,832個(gè)基因，78個(gè)串聯(lián)重復(fù)序列，4

7、4個(gè)小衛(wèi)星序列，11個(gè)微衛(wèi)星序列，102個(gè)tRNA和16個(gè)rRNA。然后采用GO、KEGG、Swiss-Prot、COG、NR、Tremble、CAZy、ARDB、VFDB、PHI、T3SS等多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)得到的4832個(gè)基因序列進(jìn)行基因名、基因功能注釋和分類，針對(duì)各數(shù)據(jù)庫(kù)特征，綜合利用各數(shù)據(jù)庫(kù)的優(yōu)點(diǎn)完善實(shí)驗(yàn)研究。利用denovo測(cè)序數(shù)據(jù)與已公布的福氏志賀菌301株基因組(NC_004337)比對(duì)檢測(cè)到317個(gè)SNP位點(diǎn)，包括74個(gè)同義突變；237個(gè)非同義突變和6個(gè)無(wú)義突變。4.重測(cè)序序列與d