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1、DNAstar軟件包的使用第三軍醫(yī)大學(xué)微生物學(xué)教研室朱軍民OverviewDNASTARdevelopsandsupportsthebestsequenceanalysissoftwareforlifescientistsinPharmaceutical,Biotechnology,AcademicandGovernmentOrganizationsworldwide.DNASTAR軟件包EditSeqGeneQuestMapDrawMegAlignPrimerSelectProteanSeqManEditSeqEditandimportseque
2、ncesandannotationsTranslate,back-translateandreversecomplementsequencesLocateORFsandcreateannotationsCut/pastesequencewithinclusiveannotationsEditSeqincludedwithallsystemsGeneQuestDiscoverandannotategenesPredictcodingregionsandsplicesitesLocaterepeats,patterns,orareasmatchingk
3、nownsequencedataSimulateagarosegelelectrophoresisMapDrawLocaterestrictionsitesCreatesixtypesoflinearandcircularmapsViewallsixreadingframeswithsitesandfeaturesMegAlignAlignDNAandproteinsequencesPerformpairwise,multipleanddotplotalignmentsCreatephylogenetictreesGeneratesubalignm
4、entsCustomizealignmentdisplaysPrimerSelectDesignprimersorcompareyourownprimersagainstasequencetemplateAnalyzeprimersforhairpinsanddimersViewtheconsequencesofprimermutationsProteanPredictproteinstructuresViewPAGEsimulationsAnalyzephysico-chemicalpropertiesDisplayresultsgraphica
5、llySeqManAssemblesequencesTrimpoordataandremovevectorManageandordercontigsLocatepotentialSNPsVisualizetracesandcomparetwoconsensuscalls一、EditSeqEditSeq是能夠迅速、正確地輸入，并且修改DNA或蛋白質(zhì)序列工具。每個EditSeq文件都可以分為三個可編輯的部分，上邊的一部分為序列文件，中間的一部分里是評論，底部是序列的注釋。SequenceEntryandExportEditSeq能讀取大部分的序列格式—
6、—包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜單命令或拖拽方式輸入序列文件。另外，序列也許通過使用鍵盤輸入，或者從其他地方復(fù)制、粘貼得到。經(jīng)Entrez或BLAST檢索得到的序列可以直接從因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)服務(wù)器下載。EditingandAnalysis序列被打開后，EditSeq能使用標(biāo)準(zhǔn)或者指定的遺傳密碼進(jìn)行翻譯，或者反翻譯，尋找開放讀框，還可以進(jìn)行閱讀校對。另外，EditSeq能以GenBank，F(xiàn)ASTA和GCG格式輸出序列。1.打開已有序列在Windows里打開“tethis21.seq”。從文件菜單（
7、FILEMENU），選擇Open。打開文件夾單擊選定序列“TETHIS21”。當(dāng)EditSeq窗口打開時，序列長度顯示在右上角。2.尋找開放讀框在這一部分中，我們將確定序列中的ORF，并翻譯它。從SEARCHMENU找到ORF，點擊打開會出現(xiàn)下邊的對話框。單擊FindNext尋找第一個ORF的位置。繼續(xù)點擊FindNext直到你把ORF的位置選定在某一位置。ORF的坐標(biāo)會出現(xiàn)在EditSeq窗口的頂端附近。3.DNA序列翻譯對ORF進(jìn)行翻譯，當(dāng)然任何序列中的讀框內(nèi)部分（三聯(lián)）都可以用下面的方法進(jìn)行翻譯。選定ORF，從GOODIESMENU菜單中選擇
8、翻譯（Translate）。翻譯的蛋白質(zhì)序列出現(xiàn)在一個新的未命名窗口中（如下圖）。它是使用標(biāo)準(zhǔn)的遺傳密碼翻譯的。4.序列的
