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1、分子標記技術及其應用遺傳標記主要有四種類型:形態(tài)標記（morphologicalmarker）細胞標記（cytologicalmarkers）生化標記（Biochemicalmarker）分子標記（molecularmarker）分子標記的優(yōu)越性：直接以DNA形式出現，生物體的各個組織、各發(fā)育時期均可檢測到，不受季節(jié)、環(huán)境的限制，不存在表達與否的問題；數量極多，遍及整個基因組；多態(tài)性高，利用大量引物、探針可完成覆蓋基因組的分析；表現為中性，即不影響目標性狀的表達，與不良性狀無必然的連鎖；許多標記為共顯性。1.幾種常用的分子標記技術基于Southern雜
2、交的分子標記基于PCR技術的分子標記1.1基于Southern雜交的分子標記限制性片段長度多態(tài)性（RestrictionFragmentLengthPolymorphism）小衛(wèi)星DNA（MinisatelliteDNA）1.1基于Southern雜交的分子標記限制性片段長度多態(tài)性，簡稱RFLP優(yōu)點：穩(wěn)定，是一種共顯性標記，可區(qū)分純合體與雜合體。缺點：分析所需DNA量較大，步驟較多，周期長，制備探針及檢測中要用到放射性同位素RestrictionfragmentlengthpolymorphismanalysisRFLPBasedonthemutati
3、onsRFLP1.1基于Southern雜交的分子標記小衛(wèi)星DNA又稱數目可變串聯重復序列（VariableNumberofTandemRepeat，VNTR）是一種重復DNA小序列，為10-幾百核苷酸，拷貝數10-10000不等。缺點：多態(tài)性分布集中，合成探針困難，應用并不廣泛。GeneticfingerprintingParentsandoffspringhavesimilargeneticfingerprints1.2基于PCR技術的分子標記隨機擴增片段長度多態(tài)性DNA（RandomAmplifiedPolymorphicDNA）特異性擴增子多態(tài)
4、性（SpecificAmplificonPolymorphism，SAP）簡單重復序列（SimpleSequenceRepeat，SSR）擴增片段長度多態(tài)性（AmplifiedFragmentLengthPolymorphism，AFLP）1.2基于PCR技術的分子標記隨機擴增片段長度多態(tài)性DNA，簡稱RAPD技術是由Williams和Welsh（1990）同時發(fā)展起來的一項遺傳標記技術。RAPD一般采用10個核苷酸的DNA序列為引物，擴增時退火溫度降至35℃左右。RAPD標記1.2基于PCR技術的分子標記RAPD的優(yōu)點：無種屬特異性適合于自動化分析不
5、需制備探針、雜交等程序，成本較低。DNA用量少，允許快速、簡單地分離基因組DNA。1.2基于PCR技術的分子標記RAPD缺點：是一種顯性標記穩(wěn)定性較差1.2基于PCR技術的分子標記特異性擴增子多態(tài)性（SpecificAmplificonPolymorphism，SAP）或稱序標位（SequenceTaggedSites，STS）包括以下兩種：酶切擴增多態(tài)性序列（CleavedAmplifiedPolymorphicSequence，CAP）序列特異性擴增區(qū)（Sequence-characterizedAmplifiedRegion，SCAR）和位點特異
6、相關引物（Allele－SpecificAssociatedPrimers，ASAP）CAP標記Indica(1)CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCATJaponica(1)CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCATIndica(51)TACTTGTTTTGTAGGCTATTTGAAGTTTGGGATTAATACAGTTGATGGTGJaponica(51)TACTAGTTTTGTAGGCTATTTGAAGTTTGGGATTAATAC
7、AGTTGATGGTGIndica(101)CCACAATATATCGTGAATGGGCGCCTGCTGCACAGTAAGTTCTAATGTAGJaponica(101)CCACAATATATCGTGAATGGGCGCCTGCTGCACAGTAAGTTCTAATGTAGIndica(151)TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACTJaponica(151)TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACTSBE1片段LeftprimerRigh
8、tprimerSBE1CAPSmarkerderivedfrom3’-endwasusedto
