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《分子標(biāo)記技術(shù)及其應(yīng)用 12Chapter12 STS》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、Chapter12STS(SequenceTaggedSite)由Olson于1989年開發(fā)成功。STS（Sequence-TaggedSite）序列標(biāo)簽位點(diǎn):是基因組上定位明確、作為界標(biāo)并能通過PCR擴(kuò)增被唯一操作的短的、單拷貝DNA序列，用于產(chǎn)生作圖位點(diǎn)，即測(cè)定一系列STS的次序即可作出基因組區(qū)域的圖譜。STSinclude:SimpleSequenceRepeatPolymorphisms(SSRorSSRP),AnchoredSimpleSequenceRepeats(ASSR),Sequence-characterizedamplifiedregions(SCAR),Cleaved
2、AmplifiedPolymorphismSequences(CAPS),SinglePrimerAmplificationReaction(SPAR)andsoon.12.1IntroductionCleavedAmplifiedPolymorphismSequences——酶切擴(kuò)增多態(tài)性序列CAPS標(biāo)記（KoniecznyandAusubel1993）是特異引物PCR與限制性酶切相結(jié)合而產(chǎn)生的一種DNA標(biāo)記，它實(shí)際上是一些特異引物PCR標(biāo)記（如SCAR和STS）的一種延伸。當(dāng)SCAR或STS的特異擴(kuò)增產(chǎn)物的電泳譜帶不表現(xiàn)多態(tài)性時(shí)，一種補(bǔ)救辦法就是用限制性內(nèi)切酶對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切，然后再通
3、過瓊脂糖或聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測(cè)其多態(tài)性。用這種方法檢測(cè)到的DNA多態(tài)性就稱為CAPS標(biāo)記。它揭示的是特異PCR產(chǎn)物DNA序列內(nèi)限制性酶切位點(diǎn)變異的信息，也表現(xiàn)為限制性片段長(zhǎng)度的多態(tài)性。CAPSSinglePrimerAmplificationReaction——單引物擴(kuò)增反應(yīng)Guptaetal.,1994.ThistechniqueisbasedonPCR(polymerasechainreaction)amplificationofDNAmarkers,usingsingleprimersofsimplesequencerepeats(SSR)ormicrosatellites.SPAR
4、技術(shù)與RAPD技術(shù)相似的是也只用一個(gè)引物，但SPAR分析中所用的引物不是隨機(jī)的，而是在SSR的基礎(chǔ)上設(shè)計(jì)的，例如可能的序列是(TA)10或(CGA)6。擴(kuò)增的是SSR之間的DNA序列。又稱為MP-PCR(microsatellite-primedPCR)。SPARSequencetaggedsite(STS):Short(200to500basepairs)DNAsequencethathasasingleoccurrenceinthegenomeandwhoselocationandbasesequenceareknown.Detectablebypolymerasechainreacti
5、on,STSsareusefulforlocalizingandorientingthemappingandsequencedatareportedfrommanydifferentlaboratoriesandserveaslandmarksonthedevelopingphysicalmapofthegenome.STS是指基因組中長(zhǎng)度為200-500bp，且核苷酸順序已知的單拷貝序列，通過PCR可將其專一擴(kuò)增出來。12.2ConceptandprincipleofSTSConcept基本原理:依據(jù)單拷貝的RFLP探針、微衛(wèi)星序列、Alu因子等兩端序列，設(shè)計(jì)合適的引物，進(jìn)行PCR擴(kuò)增，電
6、泳顯示擴(kuò)增產(chǎn)物多態(tài)性。有時(shí)擴(kuò)增產(chǎn)物還需要特定的限制性內(nèi)切酶酶解后才能表現(xiàn)出多態(tài)性。目前用于STS引物設(shè)計(jì)的主要是RFLP探針。Principle標(biāo)記來源廣，數(shù)量多；共顯性遺傳；STS在基因組中往往只出現(xiàn)一次，從而能夠界定基因組的特異位點(diǎn);技術(shù)簡(jiǎn)便，檢測(cè)方便；STS標(biāo)記采用常規(guī)PCR所用的引物長(zhǎng)度，結(jié)果穩(wěn)定可靠。與SSR標(biāo)記一樣，開發(fā)依賴于序列分析及引物合成，成本較高；多態(tài)性常常低于相應(yīng)的RFLP等標(biāo)記，這是因?yàn)镾TS僅僅檢測(cè)該引物所分布區(qū)域的片段差異或酶切位置差異，而RFLP標(biāo)記的多態(tài)性往往可能是探針以外區(qū)域的差異，這一部分差異無法轉(zhuǎn)化成STS標(biāo)記的多態(tài)性。12.3Characteristi
7、cDNAextractionandpurification12.4ProcedureRFLPSSRPrimerCAPSPCRAmplificationGelelectrophoresisDataanalysisAludbSTS-DatabaseofSequenceTaggedSites(NCBI)restrictionendonucleasePCP-productDigestionSteps-1Thawthe
