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《MS文獻(xiàn)晶體參數(shù)建模實例.ppt》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在應(yīng)用文檔-天天文庫。
1、五.處理分子晶體：尿素目的:介紹晶體建模工具 模塊:MaterialsVisualizer前提:已有一個project引言在工業(yè)制造過程的某些階段，醫(yī)藥、農(nóng)藥、色素、染料、專用化合物以及爆炸物等都是晶體材料。對這些材料進(jìn)行模擬，可以擴(kuò)展我們對它們的認(rèn)識，最終幫助我們控制其性質(zhì)，例如溶解性、儲藏期限、形態(tài)、生物藥效率、顏色、抗震性、氣壓和密度等。在本練習(xí)中，我們將使用尿素作為一個簡單的例子進(jìn)行分子晶體材料的模擬。內(nèi)容1.打開分子晶體文檔2.計算氫鍵3.調(diào)整晶胞顯示的范圍4.改變晶胞顯示風(fēng)格5.檢查urea晶體中氫鍵的連接1.打開分
2、子晶體文檔*File/Import，打開輸入結(jié)構(gòu)對話框。*Examples/Documents/3DModel/urea.msi，單擊Import按鈕，輸入urea晶體的晶胞結(jié)構(gòu)。*注意，文件由.msi改為.xsd。2765431計算完成后，氫鍵以藍(lán)色的虛線顯示。2.計算氫鍵*從菜單中選擇Build/HydrogenBonds，該操作會打開氫鍵計算對話框。*注意，你可以使用不同的方案和鍵幾何參數(shù)來計算氫鍵，可以產(chǎn)生并保存自己的方案。*在這里，我們將使用默認(rèn)的設(shè)置，單擊Calculate按鈕。*注意，該計算也可以在AtomandB
3、ond工具欄上，使用CalculateHydrogenBond按鈕來進(jìn)行計算。*單擊，關(guān)閉HydrogenBondCalculation對話框。1234作業(yè)2：什么是氫鍵？3.調(diào)整晶胞顯示的范圍在urea的3Dviewer上單擊右鍵，在快捷菜單中打開DisplayStyle對話框，點擊Lattice欄，將Display部分沿X、Y、Z軸方向的最大晶胞數(shù)（Max）改為2.0。那么現(xiàn)在我們就可以得到一個2x2x2的尿素晶體了，更清楚地看到氫鍵。3214.改變晶胞顯示風(fēng)格在Lattice欄中，選擇None，關(guān)閉對話框，將去除晶胞邊界線
4、。5.檢查urea晶體中氫鍵的連接*單擊ResetView按鈕，然后使用鍵盤上的上、下、左、右鍵，按照45°為單位旋轉(zhuǎn)晶胞，觀測氫鍵網(wǎng)絡(luò)。*也可在urea3Dviewer上按右鍵，或用連續(xù)旋轉(zhuǎn)晶胞。*用關(guān)閉urea.xsd，按save保存。Upkey六.構(gòu)造?－石英晶體目的:介紹晶體建模工具 模塊:MaterialsVisualizer前提:已有一個project引言對無機晶體材料進(jìn)行建模是一個重要的領(lǐng)域，特別是對于有關(guān)的應(yīng)用，例如多相催化劑的設(shè)計（如沸石催化劑），在石油、天然氣探測中的礦物采樣分析等。本教案通過構(gòu)造?－石英晶體
5、，介紹一些MaterialsStudio晶體建模的功能。內(nèi)容1.建立?－石英晶體2.加入硅原子和氧原子3.對比?－石英晶體結(jié)構(gòu)的兩種版本1.建立?－石英晶體*File/New...，在出現(xiàn)的對話框中，選3DAtomistic，然后單擊OK按鈕，打開一個新的3DViewer。*在ProjectExplorer中，新的3DViewer是3DAtomistic.xsd。選中3DAtomistic.xsd，按右鍵，選擇Rename，鍵入my_quartz_alpha，按ENTER完成命名。162354*選擇File/Save，這樣就在m
6、yquickstartproject中建立了一個名為my_quartz_alpha.xsd的3DAtomistic文檔。*在新建的my_quartz_alpha.xsd3D文檔中，從Build菜單選擇Crystal下的BuildCrystal...，打開相關(guān)的晶體模建對話框。在SpaceGroup欄中，選擇EnterGroup，輸入P3221，并且按下Tab鍵進(jìn)行確認(rèn)。也可以從下拉菜單中選擇該空間群；如果你知道該空間群的序號，也可以直接輸入該序號。*在LatticeParamenters欄中，在相應(yīng)的地方輸入Alpha石英的晶胞
7、參數(shù)a和c，a=4.910?，c=5.402?。注意，一旦選中了空間群，那么相應(yīng)的晶胞參數(shù)b,α,β,和γ就會依據(jù)群的限制，被自動設(shè)定。*按下Build按鈕，一個空的晶胞就會出現(xiàn)在文檔中，關(guān)閉對話框。12345687910空晶胞2.加入硅原子和氧原子由于已經(jīng)定義好了晶體的對稱性，只需要加入一個硅原子和一個氧原子，那么根據(jù)對稱操作，會產(chǎn)生整個晶體的相應(yīng)原子。從Build菜單中選擇AddAtom。此選項會打開AddAtom對話框，也可以在AtomandBond工具欄上單擊AddAtoms按鈕，打開AddAtom對話框。進(jìn)入Optio
8、ns欄，確認(rèn)Testforbondsasatomsarecreated被選中。當(dāng)該選項被選中的時候，MaterialsStudio會在晶體建造過程中，自動產(chǎn)生相應(yīng)的鍵。MaterialsStudio也有一個通用的BondCalculation工具，可以從Buil
