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《ms晶體建?；痉椒?團(tuán)簇模型)》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在工程資料-天天文庫。
1、【分享】MS晶體建模基本方法（團(tuán)簇模型）作者:guolianshun(站內(nèi)聯(lián)系TA)收錄:2010-10-11發(fā)布:2010-09-28第一種情況:從程序自帶的各種晶體及有機(jī)模型中導(dǎo)入體系的晶胞1．打開MS，由file>import>structures>metals>pure-metals>Fe導(dǎo)入Fe的晶胞。2．由build>Surfaces>cleaveSurfaces打開對(duì)話框.在對(duì)話框中輸入要建立的晶面（hkl），選擇position，其中depth控制晶面層數(shù)。3．進(jìn)入build>Superce
2、ll，輸入A、B、C的值，得到想要的超晶胞。4．到該步驟，我們已經(jīng)建立了一個(gè)周期性的超晶胞。如果要做周期性計(jì)算，則應(yīng)選擇build>Crystals>buildvaccumslab，其中真空層通常選擇10埃以上。如果建立團(tuán)簇模型則選擇build>Symmetry>Non-periodicStructure，去掉模型的周期性，并跟據(jù)自己的實(shí)際需要?jiǎng)h除部分原子，得到想要的團(tuán)簇模型。5．在表面插入分子時(shí)通過菜單欄上的幾個(gè)小圖標(biāo)添加即可。第二種情況:20currencydeposit,weprescribeapass
3、onaregularbasis,qilucardaccountonaregularbasis),certificatebondsandsavingsbonds(electronic);3.notdrawnonabanksavingscertificate,certificatebondsapplyformortgageloans,acceptingonlythelender手動(dòng)建模，優(yōu)點(diǎn)是可控制晶格常數(shù)。6．首先從文獻(xiàn)中查到晶體的晶格常數(shù)的實(shí)驗(yàn)值。7．打開build>Crystals>buildcrystal
4、s，可見到對(duì)話框。在對(duì)話框中選擇空間群與點(diǎn)群，然后在LatticeParameter中設(shè)置晶胞基矢的長(zhǎng)度及夾角。8．然后打開build>Addatom，從對(duì)話框中輸入坐標(biāo)。這里只需輸入幾個(gè)有代表性的原子的坐標(biāo)，不必全部輸入。在坐標(biāo)輸入前首先在option頁面中選擇coordinatesystem，或者分?jǐn)?shù)坐標(biāo)或者卡迪爾坐標(biāo)。9．以下步驟重復(fù)2-5步。10．20currencydeposit,weprescribeapassonaregularbasis,qilucardaccountonaregularbas
5、is),certificatebondsandsavingsbonds(electronic);3.notdrawnonabanksavingscertificate,certificatebondsapplyformortgageloans,acceptingonlythelender需要注意的是，采取什么樣的團(tuán)簇并不是任意的。原因是很多模型構(gòu)造出來后在優(yōu)化過程中往往不收斂。要避免這個(gè)問題的辦法是查閱文獻(xiàn)，參考文獻(xiàn)上模型進(jìn)行選取，因?yàn)樗鼈兊哪Ｐ屯ǔＪ墙?jīng)過試驗(yàn)證實(shí)收斂的。幾點(diǎn)說明1．與高斯相比，dmol3能夠
6、計(jì)算的體系更大。如果要研究表面的吸附，而模擬表面的團(tuán)簇模型又比較大，建議采用dmol3。如果計(jì)算的是局部化學(xué)反應(yīng)，而體系也不是很大，則可以使用高斯。2．關(guān)于是否考慮周期性條件的問題研究金屬表面時(shí)，團(tuán)簇計(jì)算方法在前些年由于計(jì)算量小曾經(jīng)被廣泛的應(yīng)用過，直到現(xiàn)在也被很多人在使用著，主要被用來計(jì)算吸附和多個(gè)分子的共吸附等，即不考慮化學(xué)鍵的斷裂。近年來由于國(guó)際上計(jì)算能力的提升，人們開始考慮周期性條件，這點(diǎn)從JPCA，JPCB，PRL，PRB，JACS等雜志上刊出的文章里也可以看出，但是計(jì)算量要大很多。需要注意的是，由于
7、團(tuán)簇計(jì)算方法沒有考慮周期性，即在k空間里只計(jì)算了Γ點(diǎn)，采用該方法計(jì)算表面的化學(xué)鍵的斷裂（即表面擴(kuò)散問題等）時(shí)有可能受到質(zhì)疑。3．在研究表面時(shí)，通常把團(tuán)簇固定，只優(yōu)化吸附在表面的分子，這一點(diǎn)可以通過菜單欄上的Modify>Constraint實(shí)現(xiàn)。首先選定團(tuán)簇中需要固定的原子，然后在下面的對(duì)話框中打勾。同時(shí)也可以在Measurement里固定部分鍵長(zhǎng)和鍵角。4.關(guān)于計(jì)算參數(shù)設(shè)置主要有幾個(gè)參數(shù)需要注意1對(duì)于Electronic頁面，需要注意的是Coretreatment,對(duì)于過渡金屬原子通常需要考慮相對(duì)論效應(yīng)，因
8、此一般不使用All20currencydeposit,weprescribeapassonaregularbasis,qilucardaccountonaregularbasis),certificatebondsandsavingsbonds(electronic);3.notdrawnonabanksavingscertificate,certificatebondsapplyformortga
