ntsys-pc遺傳多樣性分析軟件使用說明

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1、生物秀網(wǎng)上搜集！http://www.bbioo.comNTSYS-PC使用說明1數(shù)據(jù)的錄入方法：1.1利用Ntedit直接錄入數(shù)據(jù)0、1二元數(shù)據(jù)中的數(shù)據(jù)缺失記為2。其中列標(biāo)可以寫為樣品編號(hào)，在No.rows欄中寫入0、1數(shù)據(jù)總數(shù)，No.cols欄中寫入樣品總數(shù)。文件另存為*.nts格式。1.2從excel表中直接讀入數(shù)據(jù)Excel表中輸入數(shù)據(jù)格式如下圖。A1必須為1，B1為0、1數(shù)據(jù)總數(shù)，C1為樣品總數(shù)。打開Ntedit程序，選擇從Excel表輸入，結(jié)果見上圖。文件另存為*.Nts格式1.3Ntsys-pc可以直接運(yùn)行*.phy格

2、式的文件（由phylip和phytool產(chǎn)生）1.4DNA序列數(shù)據(jù)Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人較少。建議大家使用phylip或者其他的軟件。DNA序列數(shù)據(jù)在Excel中輸入格式如下：生物秀網(wǎng)上搜集！http://www.bbioo.com1.5其他數(shù)據(jù)的Excel輸入如下：2聚類分析Ntsys-pc2.02界面如下：以下以圖中數(shù)據(jù)為例介紹聚類過程：2.1首先用similarity程序組中的SimQual計(jì)算形似系數(shù)矩陣。Coefficient通常選用SM或DICE，結(jié)果輸出到另一文件生物秀網(wǎng)上搜集！http://www.

3、bbioo.com2.2以上步的結(jié)果作為inputfile利用Clustering程序組中的SHAN或者Njoin進(jìn)行計(jì)算，聚類分法選用UPGMA，ties選用FIND，Maximumno.tiedtrees至少大于樣品數(shù)。Njoin程序組界面如下，rootingmethod可以選用Outgroup，但需輸入外元。2.3將SHAN或NJoin方法得到的treefile文件輸入到Graphics程序組中的treeplot程序中計(jì)算生物秀網(wǎng)上搜集！http://www.bbioo.com得到樹圖如下利用options可以對(duì)樹圖進(jìn)行描述與

4、處理.在此略去.2.4一致性分析：可以用Clustering中的consens程序進(jìn)行，兩個(gè)不同文件分別輸入；同一文件中不同的進(jìn)化樹之間的分析，則只輸入到inputtree1file即可。通常多選用MAJRUL方法生物秀網(wǎng)上搜集！http://www.bbioo.com2.5其他數(shù)據(jù)的聚類方法與此類似，在此不再贅述。