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《牛帶絳蟲膜聯(lián)蛋白b3基因的生物信息學(xué)分析》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在應(yīng)用文檔-天天文庫。
1、牛帶絳蟲膜聯(lián)蛋白B3基因的生物信息學(xué)分析戴佳琳藍磊黃江(貴陽醫(yī)學(xué)院法醫(yī)學(xué)系貴州貴陽550002)目的識別牛帶絳蟲新基因，分析和預(yù)測該基因及其編碼蛋白的結(jié)構(gòu)及特性，為其生物學(xué)功能研究提供依據(jù)。方法利用生物信息學(xué)在線分析網(wǎng)站、工只進行序列分析、預(yù)測其編碼的膜聯(lián)蛋白B3的理化特性、翻譯后的修飾、功能域、亞細胞定位、拓撲結(jié)構(gòu)、二級結(jié)構(gòu)、三維空間構(gòu)象等。結(jié)果該基因全長1259bp,編碼K為106-1074bp,編碼322個氨基酸,為全長基因;無跨膜區(qū);蛋白質(zhì)在溶液中的性質(zhì)不穩(wěn)定，理論分子量為36415.1;沒有質(zhì)體、線粒體定位序列。結(jié)論運用生
2、物信息學(xué)方法從牛帶絳蟲成蟲CDNA文庫中識別岀了牛帶絳蟲成蟲膜聯(lián)蛋白B3基因，并對其所編碼的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)與功能進行預(yù)測分析。【關(guān)鍵詞】牛帶絳蟲膜聯(lián)蛋白B3生物信息學(xué)R318A2095-1752(2014)12-0059-02【Abstract】Objectiverecognitioncattlebelttapewormnewgenes,analysisandforecastthegeneanditscodingproteinstructureandpropertiesforitsbiologicalfunctionprovidest
3、hebasisfortheresearch.Methodsusingbioinformaticsonlineanalysisofsite,toolsforsequenceanalysis,forecastingthecodedannexinB3physicalandchemicalcharacteristics,antigenepitope,translationmodifications,functiondomain,thesubcellularlocalization,thetopologystructure,secondary
4、structure,thethreedimensionalspaceconformation,evolutionarytree,etc.Resultsthegene(1259bp,codingregionfor106-1074bp,code322aminoacids,brokegroundforthegenes;Nocrossmembranearea;Proteininsolutionofthenatureisnotstable,theorymolecularweightwas36415.1;Noplastid,mitochondr
5、ialpositioningsequence.ConclusionusingbioinformaticsmethodsfromcattlebelttapewormimagocDNAlibraryusedtoidentifythecowswithtapewormimagoannexinB3gene,andtheencodedproteinstructureandfunctionofforecastinganalysis.【Keywords】TaeniasaginataannexinB3bioinformatics帶絳蟲是常見的人獸共患
6、寄生蟲，人是豬帶絳蟲、牛帶絳蟲和亞洲帶絳蟲的唯一終宿主，牛和豬是其主要的中間宿主。本課題組2006年以來相繼構(gòu)建了以上3種人體帶絳蟲的cDNA質(zhì)粒文庫［1］，獲得了大量的人體帶絳蟲功能基因，并把這些基因陸續(xù)登錄到GenBank中，以期從分子水平探討3種帶絳蟲的起源、演化和宿主選擇性等問題。從牛帶絳蟲成蟲cDNA質(zhì)粒文庫中挑選出膜聯(lián)蛋白B3的同源基因，通過對該基因及其編碼的蛋白結(jié)構(gòu)和特征進行全面的生物信息學(xué)分析,為研究其生物學(xué)功能及其在牛帶絳蟲病的診斷、藥物及疫苗研究中的應(yīng)用提供依據(jù)。1材料和方法1.1材料與上海聯(lián)合基因有限公司合作完
7、成牛帶絳蟲成蟲全長cDNA質(zhì)粒文庫的構(gòu)建、EST測序及Unigene分析，Unigene通過Wu-blastx方法進行識別［2］。編碼牛帶絳蟲成蟲膜聯(lián)蛋白B3基因文庫質(zhì)粒編號為NDTC000-E09。1.2方法1.2.1通過NCBI網(wǎng)站的BLASTx程序(.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)，將0的基因序列與GenBank中的序列進行比對，判斷該基因是否是全長基因，B的基因序列測序是否正確。1.2.2VectorNTIsuite軟件包中的ORFFinder確定其完整的編碼序列(cds)，然后Translation程序推
8、導(dǎo)并輸出氨基酸序列。1.2.3通過蛋白分析專家系統(tǒng)Expasy(ca.expasy.org/)所提供的蛋白組學(xué)和序列分析工具對該蛋白進行分析。1.2.3.1ProtParam預(yù)測蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)，如分子量、等電點、氨基酸組成、摩爾消光
