中華蜜蜂轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及雌性蜜蜂基因表達(dá)分析

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1、目錄3結(jié)果與分析??????????????????.¨???????????.3131中蜂Dnmt3基因的擴(kuò)增與鑒定3132中蜂Dnmt3基因與其編碼蛋白比較分析3l3,3中蜂Dnmt3基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)344討je??????????????????????????????????36第四章結(jié)論與展望?????????...............................381主要結(jié)論????????????????????????????????382研究展望????????????????????????????????38參考文獻(xiàn)???????????。附件1Unigene代謝通

2、路??????????????????44攻讀碩士期間發(fā)表論文情況?????致謝???????????????????????????53摘要本研究以中華蜜蜂(Apisceranafdw”d)為材料.通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)獲得了中華蜜蜂的轉(zhuǎn)錄組信息,并通過(guò)數(shù)字基因表達(dá)譜(DigitalGgeneExpressionProfile.DGE)測(cè)序分析比較丁中華蜜蜂蜂王和工蜂的基因表達(dá)差異。另外克隆了中華蜜蜂DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶3(DNAmethyltnmsferase3.Dnmt3)基因及分析了其mRNA的表達(dá)。通過(guò)轉(zhuǎn)錄組刪序技術(shù).獲得丁51.581.510條cleanreads對(duì)應(yīng)464Gb核苷酸。這

3、些reads組裝成46.999個(gè)Unigene,平均長(zhǎng)度676bp?;谖鍌€(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)(衄、Swiss—Prot、GO、KEGG和COG)用Blastx進(jìn)行相似性比對(duì)(E值<10。),共有24.630個(gè)unigenes被注釋。將獲得的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)作為參考數(shù)據(jù)庫(kù),用DGE方法分析比較中華蜜蜂蜂王和工蜂的基因表達(dá)差異。分別從蜂王和工蜂中獲得5.962.735和5.663.952標(biāo)簽。檢測(cè)到414個(gè)基因有差異表達(dá).蜂王與工蜂相比.其中189個(gè)是上調(diào).225個(gè)是下調(diào)。我們選擇了10個(gè)差異表達(dá)的unigenes,用qRT.PCR驗(yàn)證了在蜂王和工蜂中的表達(dá).結(jié)果顯示這些基因的qRT-PCR結(jié)果與DGE數(shù)據(jù)相符臺(tái)

4、。采用RT.PCR技術(shù)克隆丁Dnmt3基因:采用熒光定量PCR檢測(cè)不同發(fā)育時(shí)期工蜂和蜂王頭部的Dnmt3基因mRNA的表達(dá)量。結(jié)果表明:該基因cDNA序列全長(zhǎng)2277b口.編碼758個(gè)氨基酸殘基.預(yù)測(cè)的蛋白分子量為8824kD.等電點(diǎn)為785。經(jīng)氮基酸亭列比對(duì),與西方蜜蜂加打mell;feraDnmt3有99%的同源性。該基因在工蜂和蜂王不同發(fā)育時(shí)期均有表達(dá).1日齡工蜂與7日齡工蜂中沒(méi)有顯著差異(P>O05),30日齡工蜂中的表達(dá)量顯著高于1日齡與7日齡工蜂(代005):蜂王蛹中的表達(dá)量顯著高于工蜂蛹(尸(o05):1日齡的蜂王中的表達(dá)量顯著高于1日齡的工蜂(P<005):產(chǎn)卵工蜂與產(chǎn)卵蜂王中

5、的表達(dá)量沒(méi)有差異(P>005)。這表明Dnmt3可能與工蜂勞動(dòng)分工及蜜蜂卵巢發(fā)育有關(guān)。關(guān)鍵詞:中華蜜蜂:轉(zhuǎn)錄組測(cè)序:數(shù)字基因表達(dá)譜測(cè)序:Dnmt3:表達(dá)分析AbstractWiththeApisceranaasmaterialslnthisstlJd、『_weobtainedthetlanscriptomelnfommtJonofAceranucerallabyRNA.seqandcomparedgeneexpressiondiffereneebetweenqueensandworkersofAcerdHaeelⅡ"abydigitalgeneexpression(DGEIanalvsisln

6、additon.cDNAcloningandexpressionanalysisofthe』ceganocera”aDNAmethvhransferase3(Dnml3)genewereperformedUsinghigh—thi'oughputilhiminaRNAsequencingweobtained51591.510ele2mreadscorrespondingto464GbtotaJnueleofidesThesereadswereassembledinto46999uniqueswithameanlengthof676bpBasedonsequencesmaritysearchag

7、ainstthefivepubiindatabases州R.Swissport.GOCOG.KEGGlwithacut—offE-valueof10’usingBlastxatotalof24.630unigeneswereannotatedUsingthesetranseriptomedataasreferencesequencesweanalyzedthegeneexpressiondiffe

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