昆蟲轉(zhuǎn)錄組中微小rna的預(yù)測及其靶標(biāo)分析

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1、萬方數(shù)據(jù)lIllII[1lIllIIllllllllllPIIIllIFlllY2974179MICRORNASPREDICTIONANDITSTARGETSANALYSISININSECTTRANSCRIPTOMEByLIUYINGAThesisSubmittedtoNanjingAgriculturalUniversityInPartialFulfillmentoftheRequirementsFortheMasterDegreeofAgricultureScienceSupervisedbyProfessorLiFeiDepartmentofEntomologyC

2、ollegeofPlantProtectionNanjingAgriculturalUniversity,Nanjing210095,P.R.ChinaMay2014萬方數(shù)據(jù)原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明:所呈交的學(xué)位論文,是本人在導(dǎo)師的指下,獨立進(jìn)行研究工作所取得的成果。除文中已經(jīng)注明引用的內(nèi)容外,本論文不包含任何其他個人或集體己經(jīng)發(fā)表或撰寫過的作品成果。對本文的研究做出重要貢獻(xiàn)的個人和集體,均已在文中以明確方式標(biāo)明。本人完全意識到本聲明的法律結(jié)果由本人承擔(dān)。學(xué)位論文作者(需親筆)簽名:主J立秒,彩年‘月3日學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)二島本學(xué)位論文作者完全了解學(xué)校有關(guān)保留、使用學(xué)位

3、論文的規(guī)定,同意學(xué)校保留并向國家有關(guān)部門或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件和電子版,允許論文被查閱和借閱。本人授權(quán)南京農(nóng)業(yè)大學(xué)可以將本學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索,可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存和匯編學(xué)位論文。保密口,在年解密后適用本授權(quán)書。本學(xué)位論文屬于不保(請在以上方框內(nèi)打tc√,,)學(xué)位論文作者(需親筆)簽名:主J立砂心年‘月歹日導(dǎo)師(需親筆)簽名:護(hù)t髟年否月,日萬方數(shù)據(jù)目錄摘要??????????????????????????????????I』jIjljSTRACT???????????????????????????????????????

4、?III縮略詞中英文對照????????????????????????????V第一章文獻(xiàn)綜述????????????????????????????..11轉(zhuǎn)錄組的研究概況?????????????????????????11.1轉(zhuǎn)錄組簡介?????????????????????????21.2研究轉(zhuǎn)錄組的基本方法????????????????????31.3轉(zhuǎn)錄組分析的基本流程????????????????????51.4測序平臺簡介????????????????????????61.5轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋常用的數(shù)據(jù)庫?????????????????82mic

5、roRNA的研究進(jìn)展???????????????????????.92.1microRNA的發(fā)現(xiàn)歷程????????????????????.102.2microRNA的產(chǎn)生與加工???????????????????.112.3microRNA的特征與鑒定???????????????????.132.4microRNA的調(diào)控機(jī)理????????????????????.162.5microRNA的功能研究????????????????????.163本文研究內(nèi)容??????????????????????????.18第二章基于小菜蛾轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的mieroRNA

6、預(yù)測??????????????19l材料與方法???????????????????????????.191.1數(shù)據(jù)來源?????????????????????????..191.2原始數(shù)據(jù)組裝和注釋????????????????????..201.3轉(zhuǎn)錄組中的microRNA預(yù)測??????????????????201.4數(shù)據(jù)驗證?????????????????????????..202結(jié)果與分析???????????????????????????.2l2.1轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理??????????????????????一212.2microRNA預(yù)測結(jié)果??

7、???????????????????.222.3microRNA的分布??????????????????????.232.4microRNA的長度統(tǒng)計????????????????????。232.5microRNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測及與成熟體保守情況??????????.24萬方數(shù)據(jù)昆蟲轉(zhuǎn)錄組中微小l礬A的預(yù)測及其靶標(biāo)分析2.6microRNA表達(dá)分析?????????????????????.272.7小RNA文庫驗證??????????????????????283討論????????????????????????????????

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