微衛(wèi)星分析講解課件.ppt

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1、微衛(wèi)星分析(Microsatelliteanalysis)北京閱微基因技術(shù)有限公司主要內(nèi)容★背景★我們提供的服務(wù)★實驗報告主要內(nèi)容及送樣要求★應(yīng)用★常見的問題微衛(wèi)星（Microsatellite）背景介紹微衛(wèi)星標(biāo)記（microsatellite），又稱為短串聯(lián)重復(fù)序列(simpletandemrepeats，STRs)或簡單重復(fù)序列（simplesequencerepeats，SSR），是均勻分布于真核生物基因組中的簡單重復(fù)序列，由2～6個核苷酸的串聯(lián)重復(fù)片段構(gòu)成。2核苷酸重復(fù)4種類型(AT)n/(TA)n、(AG)n/(TC)n、

2、(AC)n/(GT)n、(GC)n/(CG)n。3核苷酸重復(fù)有10種類型。每個微衛(wèi)星DNA都由核心序列和側(cè)翼序列組成，其核心序列呈串聯(lián)重復(fù)排列，側(cè)翼序列位于核心序列的兩端，為保守的特異單拷貝序列。PCR擴增后的等位微衛(wèi)星可以用多種方法檢測，如放射性同位素、銀染、熒光標(biāo)記。微衛(wèi)星存在于大多數(shù)生物的基因組中，被廣泛的應(yīng)用于遺傳雜交育種、人群進行個體識別和繪制染色體遺傳圖譜等領(lǐng)域。具有檢測方便、多態(tài)性高、共顯性遺傳、符合孟德爾遺傳定律、重復(fù)性好等優(yōu)點。我們提供的服務(wù)一、微衛(wèi)星全套二、引物開發(fā)三、直接上機檢測一、微衛(wèi)星全套1、基因組DNA提

3、取；2、引物設(shè)計合成；3、PCR擴增（單重、多重）；4、毛細(xì)管電泳檢測（單色、多色）；5、Genemapper分析處理數(shù)據(jù)；6、重檢峰低、峰型不確定的樣本；7、整理數(shù)據(jù)出檢測報告。1、基因組DNA提取從新鮮組織、血液、細(xì)胞、細(xì)菌、昆蟲等多種材料中提取基因組DNA，不同種類的材料中提取的基因座DNA量不同，而且差異也比較大。細(xì)菌、細(xì)胞樣品需要新鮮培養(yǎng)；動植物組織等樣品取樣后需液氮速凍；昆蟲需要活的成蟲或者酒精浸泡；用于提取基因組DNA的血液樣品在4℃下可保存一周，—20℃下可保存1個月；實驗樣品最好使用干冰運輸。2、引物設(shè)計合成及篩選

4、熒光引物標(biāo)記：選取一對引物中的一條，合成寡核苷酸鏈后在5’端合成上熒光素，F(xiàn)AM、HEX、TMR、ROX標(biāo)準(zhǔn)組合；設(shè)計與合成：熒光引物的標(biāo)記效率和純度對后期試驗至關(guān)重要，我們按照法醫(yī)身份鑒定試劑盒和基因診斷領(lǐng)域的標(biāo)準(zhǔn)來制備熒光引物；篩選：我們利用M13（熒光/通用引物，18bp，在5’端添加熒光標(biāo)記，將M13互補序列添加到一條普通引物的5’）加尾法提供篩選服務(wù)TGTAAAACGACGGCCAGT-FAM/HEX微衛(wèi)星擴增引物的來源：直接應(yīng)用已發(fā)表的微衛(wèi)星DNA引物使用近緣物種的引物通過篩選DNA序列數(shù)據(jù)庫，或篩選克隆文庫的簡單重復(fù)序

5、列，借助計算機軟件進行引物設(shè)計構(gòu)建基因組文庫，再根據(jù)微衛(wèi)星位點側(cè)翼序列來設(shè)計引物——最好最根本的方法（引物開發(fā)）3、PCR擴增（單重、多重）4、毛細(xì)管電泳檢測及分析二、引物開發(fā)相關(guān)文獻近源種的引物數(shù)據(jù)庫搜尋法（GenBank、EMBLheDDBJ等）根據(jù)所研究類群的基因文庫中篩選（目前常用的是磁珠富集法）——4種重復(fù)序列(AC)n、(AG)n、(AGC)n、(4)n很多物種沒有完成全基因組測序，進行SSR/STR研究的時候需要開發(fā)引物。已知序列：先用SSRhunter掃描SSR位點，再根據(jù)得到的序列設(shè)計引物進行后續(xù)實驗。未知序列：先

6、磁珠富集建立文庫，測序，得到SSR位點，再根據(jù)得到的序列設(shè)計引物進行后續(xù)實驗。實驗報告主要內(nèi)容文字性實驗報告：包含實驗試劑耗材、步驟、實驗條件、體系、引物序列、統(tǒng)計結(jié)果等；各位點篩選多態(tài)性的PDF圖；測序原始數(shù)據(jù)（序列和峰圖均去掉載體序列）；PDF圖及對應(yīng)的excel表（微衛(wèi)星分析）；原始數(shù)據(jù)：fsa格式文件。需要客戶提供的信息及送樣要求樣本數(shù)量編號及其相對應(yīng)的膠圖；熒光染料顏色、片段的大??；物種，幾倍體；研究的目的等信息；微衛(wèi)星分析的應(yīng)用主要應(yīng)用于：遺傳學(xué)基因組學(xué)例如：建立遺傳連鎖圖譜、者物種居群多樣性的研究、親子鑒定、細(xì)胞鑒定等

7、內(nèi)容。微衛(wèi)星標(biāo)記分析常見問題分析根據(jù)客戶提供的信息，物種，幾倍體，熒光染料顏色、片段的大小，研究的目的等信息，才可能對及其進行簡單的判斷。拉起峰、影子帶、染料峰、加A不完全的峰判斷。微衛(wèi)星分析中常見的問題1、不同樣本相同位點（前3個是M13加尾，第4個是直接熒光）擴增檢測分析結(jié)果：微衛(wèi)星分析中常見的問題2、染料峰：微衛(wèi)星分析中常見的問題3、非特異擴增（人的樣本）：微衛(wèi)星分析中常見的問題4、加A不完全：謝謝！