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1、微衛(wèi)星分析(Microsatelliteanalysis)北京閱微基因技術有限公司主要內容★背景★我們提供的服務★實驗報告主要內容及送樣要求★應用★常見的問題微衛(wèi)星（Microsatellite）背景介紹微衛(wèi)星標記（microsatellite），又稱為短串聯重復序列(simpletandemrepeats，STRs)或簡單重復序列（simplesequencerepeats，SSR），是均勻分布于真核生物基因組中的簡單重復序列，由2～6個核苷酸的串聯重復片段構成。2核苷酸重復4種類型(AT)n/(TA)n、(AG)n/(TC)n、
2、(AC)n/(GT)n、(GC)n/(CG)n。3核苷酸重復有10種類型。每個微衛(wèi)星DNA都由核心序列和側翼序列組成，其核心序列呈串聯重復排列，側翼序列位于核心序列的兩端，為保守的特異單拷貝序列。PCR擴增后的等位微衛(wèi)星可以用多種方法檢測，如放射性同位素、銀染、熒光標記。微衛(wèi)星存在于大多數生物的基因組中，被廣泛的應用于遺傳雜交育種、人群進行個體識別和繪制染色體遺傳圖譜等領域。具有檢測方便、多態(tài)性高、共顯性遺傳、符合孟德爾遺傳定律、重復性好等優(yōu)點。我們提供的服務一、微衛(wèi)星全套二、引物開發(fā)三、直接上機檢測一、微衛(wèi)星全套1、基因組DNA提
3、?。?、引物設計合成；3、PCR擴增（單重、多重）；4、毛細管電泳檢測（單色、多色）；5、Genemapper分析處理數據；6、重檢峰低、峰型不確定的樣本；7、整理數據出檢測報告。1、基因組DNA提取從新鮮組織、血液、細胞、細菌、昆蟲等多種材料中提取基因組DNA，不同種類的材料中提取的基因座DNA量不同，而且差異也比較大。細菌、細胞樣品需要新鮮培養(yǎng)；動植物組織等樣品取樣后需液氮速凍；昆蟲需要活的成蟲或者酒精浸泡；用于提取基因組DNA的血液樣品在4℃下可保存一周，—20℃下可保存1個月；實驗樣品最好使用干冰運輸。2、引物設計合成及篩選
4、熒光引物標記：選取一對引物中的一條，合成寡核苷酸鏈后在5’端合成上熒光素，FAM、HEX、TMR、ROX標準組合；設計與合成：熒光引物的標記效率和純度對后期試驗至關重要，我們按照法醫(yī)身份鑒定試劑盒和基因診斷領域的標準來制備熒光引物；篩選：我們利用M13（熒光/通用引物，18bp，在5’端添加熒光標記，將M13互補序列添加到一條普通引物的5’）加尾法提供篩選服務TGTAAAACGACGGCCAGT-FAM/HEX微衛(wèi)星擴增引物的來源：直接應用已發(fā)表的微衛(wèi)星DNA引物使用近緣物種的引物通過篩選DNA序列數據庫，或篩選克隆文庫的簡單重復序
5、列，借助計算機軟件進行引物設計構建基因組文庫，再根據微衛(wèi)星位點側翼序列來設計引物——最好最根本的方法（引物開發(fā)）3、PCR擴增（單重、多重）4、毛細管電泳檢測及分析二、引物開發(fā)相關文獻近源種的引物數據庫搜尋法（GenBank、EMBLheDDBJ等）根據所研究類群的基因文庫中篩選（目前常用的是磁珠富集法）——4種重復序列(AC)n、(AG)n、(AGC)n、(4)n很多物種沒有完成全基因組測序，進行SSR/STR研究的時候需要開發(fā)引物。已知序列：先用SSRhunter掃描SSR位點，再根據得到的序列設計引物進行后續(xù)實驗。未知序列：先
6、磁珠富集建立文庫，測序，得到SSR位點，再根據得到的序列設計引物進行后續(xù)實驗。實驗報告主要內容文字性實驗報告：包含實驗試劑耗材、步驟、實驗條件、體系、引物序列、統計結果等；各位點篩選多態(tài)性的PDF圖；測序原始數據（序列和峰圖均去掉載體序列）；PDF圖及對應的excel表（微衛(wèi)星分析）；原始數據：fsa格式文件。需要客戶提供的信息及送樣要求樣本數量編號及其相對應的膠圖；熒光染料顏色、片段的大??；物種，幾倍體；研究的目的等信息；微衛(wèi)星分析的應用主要應用于：遺傳學基因組學例如：建立遺傳連鎖圖譜、者物種居群多樣性的研究、親子鑒定、細胞鑒定等
7、內容。微衛(wèi)星標記分析常見問題分析根據客戶提供的信息，物種，幾倍體，熒光染料顏色、片段的大小，研究的目的等信息，才可能對及其進行簡單的判斷。拉起峰、影子帶、染料峰、加A不完全的峰判斷。微衛(wèi)星分析中常見的問題1、不同樣本相同位點（前3個是M13加尾，第4個是直接熒光）擴增檢測分析結果：微衛(wèi)星分析中常見的問題2、染料峰：微衛(wèi)星分析中常見的問題3、非特異擴增（人的樣本）：微衛(wèi)星分析中常見的問題4、加A不完全：謝謝！
