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1、《江西畜牧獸醫(yī)雜志》2014年第6期·實驗研究·文章編號:1004-2342(2014)06-0011-03中圖分類號+:S852.659.6文獻標識碼:B豬流行性腹瀉病毒部分S1基因克隆*王蓓,陳如圣,孫明,張祥華,潘美慧,熊加明,鄔向東,何后軍,陳瑞光(江西農(nóng)業(yè)大學動科院,江西南昌330045)摘要:為研究江西省PEDV流行株可能的變異情況,作者采用RT-PCR成功擴增了PEDV的部分S1基因,并將其克隆至T載體,經(jīng)測序同源性分析,與PEDV標準毒株同源性在95%以上,說明成功的克隆了PEDV病毒部分S1基因,為將來進一步研究打下基礎。關鍵詞:豬流行性腹瀉;分子流行
2、病學調查;同源性豬流行性腹瀉病毒(PorcineEpidemicDiarrhea毒性腹瀉仔豬的小腸組織及糞便樣品。Virus,PEDV)是引發(fā)豬流行性腹瀉(PorcineEpi-1.1.2主要設備。K960型梯度PCR擴增儀,5415RdemicDiarrhea,PED)的原因。其屬于冠狀病毒科,型eppendorf高速臺式冷凍離心機,JY300C型電泳[1]冠狀病毒亞科甲型冠狀病毒屬b亞群。PED對于儀、JY02S型紫外分析系統(tǒng),SPX-150B-Z型上海博不同年齡段及不同品種的豬都容易感染,是豬的一迅生化培養(yǎng)箱,DW-FL262型-40℃中科美菱超低溫種擁有高度接觸
3、性的傳染病,以哺乳仔豬最為嚴冷凍儲存箱等。重,死亡率可達100%,該病在我國及世界各養(yǎng)豬國1.1.3主要試劑。氨芐青霉素、LB培養(yǎng)基、SDS、Tris家普遍分布。其主要的臨床癥狀以食欲不振、水樣堿等(Solarbio公司產(chǎn)品);EcoRⅠ、SalⅠ、PCRmix、腹瀉、嘔吐、脫水,最后酸中毒為基本特征。以往該M-MLV逆轉錄酶、RNA酶抑制劑、dNTP等(普洛麥病雖給養(yǎng)豬業(yè)造成了極其嚴重的影響,但病毒感染格公司);TrizolKit、DNA凝膠回收純化Kit與[2]往往在一周后即基本恢復,病程較短。但最近幾PMD18-TVector(大連寶生公司)。年,該病在我國發(fā)生率
4、明顯升高,而且病程拖長,給1.2方法[3]養(yǎng)豬場造成極其嚴重的損失。本研究根據(jù)NCBI發(fā)1.2.1PEDV部分S1基因的RT-PCR擴增方法建立表的PEDV標準毒株序列設計引物,通過RT-PCR1.2.1.1引物設計。根據(jù)GenBank上已發(fā)表PEDV-S方法,擴增出預期大小基因片段,經(jīng)克隆測序,證實基因序列設計引物,預期大小為1139bp,由上海生本研究成功克隆到PEDV-S1基因,為進一步研究工生物工程公司合成。引物序列:其變異性提供了理論基礎。P1:5'-------TTCACTGGTCATGGCACTGAC1材料與方法--------3'1.1材料P2:5'--
5、-----CTAACAGGCGTGTTGTAAAGC1.1.1病料來源。采集江西省南昌市某縣豬場疑似病TG----3'1.2.1.2病毒RNA的提取。取約50mg病料,加入有基金項目:2012年江西省大學生創(chuàng)新訓練項目(DC201313);1mL生理鹽水的勻漿器中充分研磨后,12000×g離南昌市科技支撐項目(201-KJZC-NY-002)心3min,取上清用于總RNA提取。作者簡介:王蓓,女,江西農(nóng)業(yè)大學動醫(yī)專業(yè)學生,E-1.2.1.3PEDV反轉錄反應體系。無菌2H2O4.5μL、mail:1106269656@qq.comdNTP4μL、5×buffer4μL、
6、P21μL、RNA酶抑制0.5*通訊作者:鄔向東,副教授,E-mail:dxywxd2006@126.com。μL、M-MLV1μL、RNA模板5μL。反應條件:42℃·11·《江西畜牧獸醫(yī)雜志》2014年第6期·實驗研究·50min,72℃15min,獲得cDNA置-40℃冰箱保存?zhèn)溆?。培養(yǎng)12~16h。再將新鮮生長的轉化菌落轉接至LA[4]1.2.1.4RT-PCR退火溫度確定。反應條件:94℃預變液體培養(yǎng)基,參照分子克隆實驗指南堿裂解法提性5min;94℃45s,56.3℃、57.1℃、57.9℃、59.0℃、60.0℃、取轉化質粒。EcoRⅠ和SalⅠ雙酶切鑒定
7、重組質粒,61.1℃、62.2℃、63.3℃、64.2℃9個梯度45s,72℃90s,酶切體系如下。共35個循環(huán);最后72℃延伸10min。反應體系:無10×buffer1.0μL菌2H2O8.5μL、cDNA2μL、PCRmix12.5μL、P11EcoRⅠ1.0μLSalⅠ1.0μLμL、P21μL產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳觀察。質粒DNA4.0μL1.2.1.5RT-PCR反應敏感性檢測。將cDNA模板做ddH2O3.0μL610倍遞度稀釋,采用10~10倍稀釋樣品進行擴增,Total10.0μL以無菌2H2O做空白對照,用優(yōu)化后的R