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《基于甘薯徐781和徐薯18轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的snp標(biāo)記開發(fā)》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫(kù)。
1、密級(jí)：論文編號(hào):中囯農(nóng)業(yè)科學(xué)院學(xué)位論文基于甘薯徐781和徐薯18轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的SNP標(biāo)記開發(fā)DevelopmentofSNPMarkersBasedonTranscriptomeSequencingofXu781andXushu18inSweetpotato,Ipomoeabatatas(L.)Lam.碩士研宄生：許家磊指導(dǎo)教師：李強(qiáng)研宄員申請(qǐng)學(xué)位類別：農(nóng)業(yè)推廣碩士專業(yè)領(lǐng)域名稱：作物培養(yǎng)單位：甘薯研宄所研宄生院2015年5月獨(dú)創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的論文是我個(gè)人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行的研究工作及取得的研究成果
2、。盡我所知，除了文中特別加以標(biāo)注和致謝的地方外，論文中不包含其他人己經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果，也不包含為獲得中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院或其它教育機(jī)構(gòu)的學(xué)位或證書而使用過的材料。與我一同工作的同志對(duì)本研宄所做的任何貢獻(xiàn)均己在論文中作了明確的說明并表示了謝意。研究生簽名:時(shí)間:W夕年/月曰關(guān)于論文使用授權(quán)的聲明本人完全了解中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定，即：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院有權(quán)保留送交論文的復(fù)印件和磁盤，允許論文被查閱和借閱，可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存、匯編學(xué)位論文=同意中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院可以用不同
3、方式在不同媒體上發(fā)表、傳播學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容。中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文評(píng)閱人、答辯委員會(huì)簽名表1論文題目基于甘薯徐781和徐薯18轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的SNP標(biāo)記開發(fā)i!^論文作者許家磊專業(yè)作物研究方向分子育種j指導(dǎo)教師李強(qiáng)培養(yǎng)單位（研宄所）甘薯研宄所碩姓名職稱單位專業(yè)簽名(博）評(píng)碩導(dǎo)口樂美旺研宄員江西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物遺傳育種博導(dǎo)口閱碩導(dǎo)□中國(guó)科學(xué)院遺傳與發(fā)劉貴富副研究員作物遺傳育種人博導(dǎo)口育生物學(xué)研究所答辯碩導(dǎo)口劉慶昌教授中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)作物遺傳育種主博導(dǎo)0席^7^碩導(dǎo)口中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院甘薯馬代夫研宄員作物
4、遺傳育種博導(dǎo)0研宄所碩導(dǎo)口李宗蕓教授江蘇師范大學(xué)遺傳學(xué)y博導(dǎo)0A答?s碩導(dǎo)口中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院甘薯唐君研宄員作物種質(zhì)資源博導(dǎo)口研宄所2辯i碩導(dǎo)0中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院甘薯劉亞菊副研究員作物遺傳育種博導(dǎo)口研究所)^t)委碩導(dǎo)口博導(dǎo)口員碩導(dǎo)口博導(dǎo)口碩導(dǎo)口博導(dǎo)口會(huì)議記錄（秘書）孫厚浩論文答辯時(shí)間地點(diǎn)2015年5月30日中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院甘薯所綜合樓8322會(huì)議室Secrecy:No.ChineseAcademyofAgriculturalSciencesDissertationDevelopmentofSNPMarkers
5、BasedonTranscriptomeSequencingofXu781andXushu18inSweetpotato,Ipomoeabatatas(L.)Lam.M.S.Candidate:JialeiXuSupervisor:ProfessorQiangLiDegree:MasterofAgriculturalExtensionSpecialty:CropsMay2015摘要單核苷酸多態(tài)性(SNP)是近年來被認(rèn)為最有發(fā)展?jié)摿Φ牡谌肿訕?biāo)記。本實(shí)驗(yàn)室利用IlluminaRNA-seq技術(shù)，從淀粉
6、含量、薯干產(chǎn)量和莖線蟲病抗性差異明顯的徐781和徐薯18測(cè)序結(jié)果中已獲得1,386個(gè)SNP候選位點(diǎn)。為開發(fā)實(shí)用的SNP標(biāo)記，本研究采用等位基因特異性PCR(AS-PCR)和四引物擴(kuò)增受阻突變體系PCR(Tetra-primerARMS-PCR)兩種特異性擴(kuò)增的方法以及酶切擴(kuò)增多態(tài)性序列(CAPS)酶切的方法，檢測(cè)候選SNP位點(diǎn)，確定合適的甘薯SNP分子標(biāo)記檢測(cè)方法，對(duì)其反應(yīng)條件進(jìn)行優(yōu)化，包括反應(yīng)退火溫度、內(nèi)外引物濃度之比和TaqDNA聚合酶用量，并根據(jù)候選SNP位點(diǎn)，設(shè)計(jì)引物，檢測(cè)SNP位點(diǎn)和開發(fā)SN
7、P分子標(biāo)記。主要研究結(jié)果如下：1.通過AS-PCR、Tetra-primerARMS-PCR和CAPS三種常用的SNP檢測(cè)方法，對(duì)甘薯SNP位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)，比較其檢測(cè)可行性和有效性，并對(duì)適宜檢測(cè)方法的反應(yīng)體系進(jìn)行優(yōu)化。結(jié)果表明，Tetra-primerARMS-PCR方法能準(zhǔn)確、快速檢測(cè)甘薯SNP位點(diǎn)并進(jìn)行分型，操作步驟簡(jiǎn)單，費(fèi)用低廉，使用25μL的反應(yīng)體系，在每一組引物的最適退火溫度下，內(nèi)外引物濃度之比為0.4μmol/L:0.2μmol/L，TaqDNA聚合酶用量為1.25U時(shí)，可以達(dá)到良好的檢測(cè)效
8、果。2.利用徐781和徐薯18轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的候選SNP位點(diǎn)共設(shè)計(jì)了153組Tetra-primerARMS-PCR引物，對(duì)徐781和徐薯18候選SNP位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)，其中103組引物的PCR產(chǎn)物有差異，差異檢出率為67.97%。研究結(jié)果表明，Tetra-primerARMS-PCR適合甘薯SNP分子標(biāo)記的檢測(cè)，可以用于甘薯SNP分子標(biāo)記的開發(fā)。Tetra-primerARMS-PCR不要求特殊的設(shè)備，操作步驟簡(jiǎn)單，能準(zhǔn)確檢測(cè)甘薯SNP位點(diǎn)，費(fèi)用低廉，該方
