利用捕獲測(cè)序技術(shù)篩選影響雞血清igy含量的候選基因

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2、ｖ誠(chéng)磅一荷褒讀＾－滬仁如／‘技參哭：六？２２５００９導(dǎo)教師姓名陳國(guó)宏教授，揚(yáng)州大學(xué)，江蘇揚(yáng)州，二背＇？＾Ｕ趙桂蘋研究員－，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院，北京，１００１９３．＂、Ａ申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：擊學(xué)科專業(yè)名稱：動(dòng)物遺傳育種與繁殖：．＿時(shí)每￣．＇２０１５；２０．論文提交Ｈ期：年５月論文答辯日期１５年５月２３日＿＿＿＿＿＾ｗ－Ｊ學(xué)位授予單粒揚(yáng)州欠學(xué)學(xué)位授予日期；戶；２０１５年６月３０日－＞＊＇＇－－、－：。一；鄭元林教授？－．答辯委員會(huì)主席：＞．／每＜ｆ，．、＊’七；．本地矜端：舍心＾巧義＾

3、％巧衣冷己，喪，馬＾？策巧＾方方彎結(jié)蠻興，編凌雑鳥＂＂．．．．．占？之義＾二＾義、礙誤Ｖ蓋父知論文資助項(xiàng)目現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項(xiàng)資金ＣＡＲＳ－４２）（項(xiàng)目ＥａｒｍａｒｋｅｄｆｕｎｄｆｏｒＣｈｉｎａＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅＲｅｓｅａｒｃｈＳｙｓｔｅｍ－Ｇｒａｎｔｎｏ．ＣＡＲＳ４２（）劉滿：利用巧獲測(cè)序技術(shù)篩選影響雞血清Ｉ巧含量的候選基因［利用捕獲測(cè)序技術(shù)篩選影響雞血清ＩｇＹ含量的候選基因中文摘要一抗病性狀的功能基因篩選和鑒患直是現(xiàn)代家禽育種研究的熱點(diǎn)。前期研究中，已利

4、用６０ＫＳＮＰＢｅａｄ濁ｉｐ技術(shù)，通過(guò)全基因組關(guān)聯(lián)分析（ＧＷＡ巧篩選到了與雞免疫性狀相關(guān)顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)及重要區(qū)域，在此基礎(chǔ)上，對(duì)與血清免疫球蛋白ＹｄｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎＹ，ＩｇＹ）含量顯著相關(guān)的染色體區(qū)域進(jìn)行了重測(cè)序分析。Ｗ５６日齡北京油雞（樣本數(shù)７２８只）和白來(lái)航雞（樣本數(shù)５２５只）為素材，分別選擇ＩｇＹ含量極高和極低個(gè)體各４０個(gè)，組成兩品種、高低表型各４個(gè)處理組，每個(gè)處理隨機(jī)等量（ｌＯＯｎｇ心Ｌ）混成分為４個(gè)重復(fù)，每個(gè)重復(fù)（池）包含１０個(gè)個(gè)體。篩選分布于１１，１６和１９Ｈ條染色體上共３．３Ｍ的候選目

5、標(biāo)區(qū)域，運(yùn)用捕獲芯片、Ｓｏｌｅｘａ高通量測(cè)序等技術(shù)進(jìn)行測(cè)序分析。共獲得單堿基變異３５１５４個(gè)，經(jīng)注釋，其中基因型為純合的堿基變異為２８８６２個(gè)，雜合的單堿基變異６２９２個(gè)ＣＤＳ區(qū)的同義突變ＳＮＰ１０４５個(gè)，得到，引起氨基酸發(fā)生變化的錯(cuò)義突變有２１９０個(gè)，位于基因上的ＳＮＰ有１８３３２個(gè)８２９ｅｌ位點(diǎn)，。篩選到個(gè)Ｉｎｄ其中絕大部分位于ｍＲＮＡ區(qū)域。隨機(jī)挑選四個(gè)基因乃？／Ｍ７義公巧防厶＾扮ＰＷ及乂及以，運(yùn)用ＰＣ民－ＮＰＳａｎｇｅｒ法進(jìn)行混池測(cè)序得到２４個(gè)Ｓ，包含二代測(cè)序結(jié)果中的２１個(gè)ＳＮＰ位點(diǎn)，證實(shí)捕獲測(cè)序ＳＮＰ結(jié)果

6、可靠。對(duì)２個(gè)Ｉｎｄｅｌ進(jìn)行驗(yàn)證，其中１６號(hào)染色體上公基因上的９個(gè)堿基（ＣＣＡＣＴＧＣＣＡ）的缺失是在兩品種高表型組共有的Ｉｎｄｅｌ突變，與捕獲測(cè)序結(jié)果一致。對(duì)公ｆＶ基西Ｉｎｄｅｌ所在的內(nèi)含子５的多態(tài)性進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)果表明，在進(jìn)行捕獲測(cè)序的北京油雞和白來(lái)航雞樣本中，該Ｉｎｄｅ（）ｌ區(qū)域存在蘭種基因型，即野生型９個(gè)堿基全部存在，ＡＡ型、突變型巧個(gè)堿基其中蘭個(gè)發(fā)生突變，ＢＢ型）、缺失型（９個(gè)堿基全部缺失，ＣＣ型），但基巧型ＩｇＹ均值間呈現(xiàn)ＡＡ＜ＢＢＡＡ＜ＣＣ的變化．，但差異并不顯著（Ｐ＞００５），，兩個(gè)品種具有相同的變化

7、趨勢(shì)。在窩度選育的白來(lái)航雞馬立克氏病易感品系Ｂ１９單倍型（３７只）的基因型全部為ＡＡ型，抗病品系Ｂ２１單倍型（３４只）的基因型全部為ＢＢ型，基因型頻率各為１００％。ＭＨＣ５／７基巧影響１類抗原分子與抗原化結(jié)合的特異性，本研究發(fā)現(xiàn)的９ｂｐ堿基的突變可能引起的Ｗ變剪接或者基因表達(dá)差異，繼而改變雞血清ＩｇＹ抗體的生成及馬立克氏病的抗病性。Ｉ／／關(guān)鍵詞：雞Ｙ含量公ＭＣ立克氏?。崳姡谎澹?；捕獲測(cè)序；：馬？揚(yáng)州大學(xué)碩±學(xué)位論文ＳｃｒｅｅｎｉｎｇＣａｎｄｉｄａｔｅＧｅｎｅｓＡｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈＣｈｉｃｋｅ

8、ｎＳｅｒｕｍＩＹｇＣｏｎｔｅｎｔｂｙＴａｒｅｔｅｄＲｅｓｅｅｎｃｉｎｇｑｕｇＡｂｓｔｒａｃｔＴｈｅｓｃｒｅｅｎｉｎｇａｎｄｉｄｅｎｔｉ行ｃａｔｉｏｎｏｆｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ