疣猴亞科相關(guān)毛色基因分析及川金絲猴snp位點(diǎn)篩選

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1、￣單位代碼１０６０２Ｉ學(xué)號(hào)２０１２０１１０３５分類(lèi)號(hào)Ｑ９５８密級(jí)公開(kāi)＾，？淨(jìng)Ｑ）中爲(wèi)Ｖｌ＾ｙＧＵＡＮＧＸＩＮＯＲＭＡＬＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ碩壬學(xué)化冷文統(tǒng)猴亞科相關(guān)毛色基因分析及川金絲猴ＳＮＰ位點(diǎn)篩選乂ｎａｌｓｉｓｏｆＣｏｌｏｂｉｎａｅＲｅｌａｔｅｄｔｏＣｏａｔＣｏｌｏｒＧｅｎｅｓａｎｄｙＳｅｌｅｃｔｉｏｎｏｆＳＮＰｓｉｎＲｈｉｎｏｐｉｔｈｅｃｕｓｒｏｘｅｌｌａｎａ學(xué)院；生命科學(xué)學(xué)院專(zhuān)業(yè)；動(dòng)物學(xué)研巧方向：動(dòng)物生理生態(tài)年級(jí)：２０１２級(jí)研究生，

2、：粗麗娜指導(dǎo)教師：周岐海教授完成日期：２０巧年４月巧猴亞科相關(guān)毛色基因分析及Ｉ川金絲猴ＳＮＰ位點(diǎn)篩選ＩｍＢ專(zhuān)業(yè)違稱(chēng)：動(dòng)物學(xué)１畫(huà)Ｐ．申請(qǐng)人：征麗娜ＰＩ指導(dǎo)教師：周岐海教授．瞧Ｉ論文答辯委貫會(huì)：主席Ｉ＃１：斗Ｉ．，Ｉ巧ｉｉ薄義，‘噓況池占、，Ｉ、‘Ｉ咕‘巧猴亞科相關(guān)毛色基因分析及川金絲猴ＳＮＰ位點(diǎn)篩選研究生：杜麗娜年級(jí)２０１２：級(jí)導(dǎo)師：周岐海教授學(xué)科專(zhuān)業(yè)：動(dòng)物學(xué)研究方向：動(dòng)物生理生態(tài)學(xué)摘要一個(gè)十分重要的形態(tài)特征毛色作為動(dòng)物，

3、巧豐富的性狀主要是由黑色素決定的。黑色素有真黑素和褐黑素兩種類(lèi)型，。目前國(guó)內(nèi)外己有很多關(guān)于動(dòng)物相關(guān)毛色基因的研究。統(tǒng)一猴亞科是靈長(zhǎng)類(lèi)猴科的兩個(gè)亞科之，主要分布在非洲和東南亞的森林中，巧物種的毛色一均有明顯的特征，但是關(guān)于疵猴亞科物種毛色差異的研究暫未見(jiàn)有報(bào)道。本研究第部分對(duì)引起巧猴亞科毛色差異的相關(guān)毛色基因進(jìn)行了初步探討，期能夠?qū)η蛇m應(yīng)性進(jìn)化研究一些幫助基礎(chǔ)信息提供。主要研究結(jié)果如下：通過(guò)ＰＣ民擴(kuò)増、分子克隆等方法成功獲得了東黑白疵猴、黑脊葉猴、川金絲猴、長(zhǎng)鼻猴、黑腿白臀葉猴、長(zhǎng)尾葉猴和黑葉猴屯個(gè)疵猴亞科物種的ＭＣＩ民、

4、ＡＳＩＰ、ＭＩＴＦ、ＭＬＰＨ、ＴＹＲ、ＴＹＲＰ１和化Ｃ４５Ａ２共Ａ個(gè)相關(guān)毛色基因各個(gè)外顯子的序歹Ｕ；運(yùn)用ＤＮＡｓｔａｒ、ＭＥＧＡ等軟件對(duì)ＭＣＩＲ、ＡＳＩＰ、ＭＩＴＦ、ＭＬＰＨ、ＴＹ民、ＴＹＲＰｌ和化Ｃ４５Ａ２韋個(gè)相關(guān)毛色基因的測(cè)序結(jié)果比對(duì)拼接，獲得它們完整的編碼區(qū)序列，并對(duì)這＾：：個(gè)相關(guān)毛色基因在巧猴亞科韋個(gè)物種中發(fā)生的堿基和氨基酸突變進(jìn)行了分析；采用ＰＡＭＬＸ軟件分別對(duì)Ａ個(gè)相關(guān)毛色基，在ＭＬＰＨ基因中發(fā)現(xiàn)第２７２個(gè)密碼子受到正選擇作用因進(jìn)行位點(diǎn)模型計(jì)算，我們推測(cè)ＭＬＰＨ基因第一２７２個(gè)密碼子的突變可能是形成巧猴亞科毛色差異

5、的原因之。川金絲猴屬于巧猴亞科金絲猴屬，是中國(guó)特有的珍稀頒危靈長(zhǎng)類(lèi)物種，同時(shí)也是中國(guó)生物保護(hù)的旗艦物種。因?yàn)槿祟?lèi)活動(dòng)的影響和捕獵，其種群數(shù)量受到了嚴(yán)重的威脅。為了更好的管理和保護(hù)川金絲猴，科學(xué)家們運(yùn)用了各種分子標(biāo)記如線粒體標(biāo)記、微衛(wèi)星標(biāo)記等一對(duì)川金絲猴的保護(hù)遺傳學(xué)進(jìn)行了各種研究。本研究第二部分采用了種新技術(shù)（ＨＲＭ），對(duì)川金絲猴的ＳＮＰ位點(diǎn)進(jìn)行基因分型，并將篩選的ＳＮＰ位點(diǎn)用于川金絲猴的個(gè)體識(shí)別。主要研究結(jié)果如下：我們共獲得了１２４個(gè)候選ＳＮＰ位點(diǎn)，根據(jù)候選ＳＮＰ位點(diǎn)的上下游序列設(shè)計(jì)合成了８５一Ｍ對(duì)ＳＮＰ位點(diǎn)

6、引物，共篩選出３７對(duì)ＳＮＰ位點(diǎn)引物能夠成功進(jìn)行ＰＣ民擴(kuò)增且可Ｗ用于ＨＲＲＭ分型；對(duì)巧個(gè)ＳＮＰ位點(diǎn)的＾：：只川金絲猴個(gè)體的血液ＤＮＡ樣品的Ｈ分型進(jìn)行了驗(yàn)證，一３７個(gè)ＳＮＰ位點(diǎn)＂ｂ只個(gè)體的ＨＲＭ分型結(jié)果和測(cè)序結(jié)果完全致，ＨＲＭ分型準(zhǔn)確率為１００％：對(duì)１５份糞便樣品進(jìn)行了ＨＲＭ分型和個(gè)體識(shí)別，篩選出的巧對(duì)ＳＮＰ位點(diǎn)引物在１５份糞便樣品中有３４個(gè)ＳＮＰ位點(diǎn)全部分型成功，成功率為９１．８９％：利用獲得的３４個(gè)ＳＮＰ位點(diǎn)一Ｉｔ１５的基因型，使用ｃｅｒｖｕｓ３．０進(jìn)行ｄｅｎｉ巧Ａｎａｌｙｓｉｓ分析，分析結(jié)果和取樣結(jié)果致，份糞便樣品來(lái)自于７

7、只川金絲猴個(gè)體：對(duì)３４個(gè)ＳＮＰ位點(diǎn)的個(gè)體識(shí)別能力進(jìn)行估算，３４個(gè)ＳＮＰ？０．０３６４０．４９９３之間，９９ｅａｏｎ位點(diǎn)的個(gè)體識(shí)別率在累計(jì)個(gè)體識(shí)別率ＣＤＰ為．９９％；根據(jù)ＨｔＩ等人的研究構(gòu)建ＳＮＰ位點(diǎn)個(gè)體識(shí)別能力估算模型，３４個(gè)ＳＮＰ位點(diǎn)最高可識(shí)別的個(gè)體數(shù)為４０，０００只個(gè)體。川金絲猴目前的個(gè)體數(shù)量約為２２，０００只。因此，我們認(rèn)為送３４個(gè)ＳＮＰ位點(diǎn)有足夠的能力識(shí)別所有川金絲猴種群。關(guān)鍵詞：巧猴亞科；川金絲猴；毛色基因；ＳＮＰ：ＨＲＭ：個(gè)體識(shí)別ＩＩＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＣｏｌｏｂｉｎａｅＲｅｌａ化ｄ１：０Ｃｏ

8、ａｔＣｏｌｏｒＧｅｎｅｓａｎｄＳｅｌｅｃｔｉｏｎｏｆＳＮＰｓｉｎＲｈｉｎｏｐｉｔｈｅｃｕｓｒｏｘｅｌｌ