α毒素誘導(dǎo)家蠶的基因表達(dá)模式及調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究

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1、單位代碼：１０６３５學(xué)號(hào)：１１２０１５４０８００２２９６Ｗ在湊碩士學(xué)位論文ａ毒素誘導(dǎo)家蠶的基因表達(dá)模式及調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研宄論文作者：馮鐵山指導(dǎo)教師：程廷才副教授學(xué)科專業(yè)：生物化學(xué)與分子生物學(xué)研宄方向：生物信息學(xué)提交論文日期：２０１８年５月２２日論文答辯日期：２０］８年５月３１日學(xué)位授予單位：西南大學(xué)中國(guó)？重慶２０１８年０５月西南大學(xué)二零一八屆碩士學(xué)位論文ａ毒素誘導(dǎo)家蠶的基因表達(dá)模式及調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究學(xué)科專業(yè)生物化學(xué)與分子生物學(xué)研宄方向生物信息學(xué)指導(dǎo)教師程廷才副教授研究生馮鐵山中國(guó)？重

2、慶２０１８年５月ＳｔｕｄｏｎＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｎＰａｔｔｅｒｎａｎｄｙＮｅｔｗｏｒｋｏｆ－－ｉｎＲｅｇｕｌａｔｏｒｙａｔｏｘｉｎｄｕｃｅｄＢｏｍｂｙｘｍｏｒｉＭａｏｒＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＭｉｏｌｏｇｙｊｙＦｉｅｌｄＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓＡｄｖｉｓｏｒＡｓｓｏｃｉａｔｅＰｒｏｆ．ＴｉｎｃａｉＣｈｅｎｇｇＣａｎｄｉｄａｔｅＴｉｅｓｈａｎＦｅｎｇＣｈｏｎｇｑｉｎｇＣｈｉｎａ，Ｍａｙ，２０１８獨(dú)創(chuàng)性聲明學(xué)位論文題目：ａ毒素誘導(dǎo)家蠶的基因表達(dá)模式和調(diào)

3、控網(wǎng)絡(luò)研究本人提交的學(xué)位論文是在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行的研宄工作及取得的研宄成果。論文中引用他人己經(jīng)發(fā)表或出版過(guò)的研宄成果，文中己加了特別標(biāo)注。對(duì)本研宂及學(xué)位論文撰寫(xiě)曾做出貢獻(xiàn)的老師、朋友、同仁在文中作了明確說(shuō)明并表示衷心感謝。學(xué)位論文作者：７妥每久４簽字日期：年＜月３曰學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書(shū)本學(xué)位論文作者完全了解西南大學(xué)有關(guān)保留，有權(quán)、使用學(xué)位論文的規(guī)定保留并向國(guó)家有關(guān)部門(mén)或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件和磁盤(pán)，允許論文被査閱和借閱。本人授權(quán)西南大學(xué)研究生院（籌）可以將學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索，可以采用影印、縮印或掃

4、描等復(fù)制手段保存、匯編學(xué)位論文。（保密的學(xué)位論文在解密后適用本授權(quán)書(shū)，本論文：４保密，□保密期限至年月止）。學(xué)位論文作者簽名：７＾山導(dǎo)師簽名：〔簽字日期：＞ｉｆ年月３日簽字日期年４月？日目錄目錄ｍｍＩＡＢＳＴＲＡＣＴＩｌｌ１規(guī)雜１１．１家蠶病原微生物及宿主免疫１１丄１常見(jiàn)的家蠶病原微生物１１丄２黑胸?cái)⊙堪麠U菌及其研究進(jìn)展１１丄３細(xì)菌感染宿主模式２１１４４．．昆蟲(chóng)的宿主免疫反應(yīng)１．１．５與免疫相關(guān)的昆蟲(chóng)器官４１．２轉(zhuǎn)錄組測(cè)序５１．２．１轉(zhuǎn)錄組測(cè)序介紹５１．２．２

5、鏈特異性ＲＮＡ測(cè)序技術(shù)５１．３轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的應(yīng)用６１．３．１轉(zhuǎn)錄組測(cè)序用于研究基因表達(dá)量６１．３．２轉(zhuǎn)錄組測(cè)序用于研究長(zhǎng)鏈非編碼ＲＮＡ７１．３．３轉(zhuǎn)錄組測(cè)序用于研究調(diào)控網(wǎng)絡(luò)８２１１弓｜胃２．１研究背景與目的意義１１２．２主要研究?jī)?nèi)容１１２．３研究技術(shù)路線１２３家蠶ＤＺ品種毒素處理及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序１３３．１實(shí)驗(yàn)材料與方法１３３．１．１實(shí)驗(yàn)材料１３３丄２主要儀器１３３丄３相關(guān)軟件與版本１３３丄４１３毒素處理與材料收集３丄５文庫(kù)構(gòu)建以及測(cè)序１４３．１．６轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)預(yù)處理１４３

6、丄７基于基因組的序列比對(duì)１４３．１．８轉(zhuǎn)錄本完整性評(píng)估１４３．２實(shí)驗(yàn)結(jié)果１５３．２．１數(shù)據(jù)質(zhì)量符合后續(xù)分析要求１５ｉ西南大學(xué)碩士畢業(yè)論文３．２．２數(shù)據(jù)的特征１６３．３小結(jié)與討論１７４ＣＸ毒素誘導(dǎo)家蠶的全基因組免疫應(yīng)答１９４．１實(shí)驗(yàn)材料和方法１９４．１．１數(shù)據(jù)１９４１．２相關(guān)軟件和版本１９４丄３比對(duì)到參考基因組１９４．１．４多比對(duì)位點(diǎn)的重新分配１９４１．５基因表達(dá)量的計(jì)算與轉(zhuǎn)換２０４．１．６基因表達(dá)量的主成分分析２０４．１．７鑒定差異表達(dá)的基因２０４．１．８差異基

7、因的熒光定量ＰＣＲ驗(yàn)證２０４１．９基因表達(dá)量聚類２２４．２實(shí)驗(yàn)結(jié)果２２４．２．１比對(duì)情況統(tǒng)計(jì)２２４．２．２基因數(shù)字表達(dá)譜２３４．２．３差異基因的鑒定結(jié)果以及組織分布２５４．２．４差異基因的表達(dá)模式聚類結(jié)果２８４－．２．５差異基因的熒光定量ｑＲＴＰＣＲ驗(yàn)證２９４．２．６差異基因的功能富集２９４．３小結(jié)與討論３１５長(zhǎng)鏈非編碼ＲＮＡ分析３３５．１實(shí)驗(yàn)材料和方法３３５丄１數(shù)據(jù)３３５丄２相關(guān)軟件和版本３３５丄３比對(duì)到參考數(shù)據(jù)集３３５丄４ＩｎｃＲＮＡｓ表達(dá)量的計(jì)算與轉(zhuǎn)換