致病疫霉基因組微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)及應(yīng)用

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1、分類號(hào)：墨壘三三：三2密級(jí)：韭蜜單位代碼：學(xué)號(hào)：100862010396致病疫霉基因組微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)及應(yīng)用DevelopmentandapplicationofmicrosatellitemarkerinPhytophthorainfestansgenome學(xué)位申請(qǐng)人：張宏磊指導(dǎo)教師：朱杰華教授楊志輝副教授學(xué)科專業(yè)：植物病理學(xué)學(xué)位類別：農(nóng)學(xué)碩士授予單位：河北農(nóng)業(yè)大學(xué)答辯日期：二。一三年五月二十九日獨(dú)創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的學(xué)位論文是本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行的研究工作及取得的研究成果。據(jù)我所知，除了文中特別加以標(biāo)注和致謝的地方外，論文

2、中不包含其他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果，也不包含為獲得河北盔業(yè)盤堂．或其他教育機(jī)構(gòu)的學(xué)位或證書而使用過的材料。與我一同工作的同志對(duì)本研究所做的任何貢獻(xiàn)均已在論文中作了明確的說明并表示謝意。學(xué)位論文作者簽名：彌玄磊簽字日期：陽I歹年石月≥日學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書本學(xué)位論文作者完全了解塑皇墾盔些盤堂有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定，有權(quán)保留并向國家有關(guān)部門或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件和磁盤，允許論文被查閱和借閱。本人授權(quán)泣j堡壘些苤堂可以將學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索，可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存、匯編學(xué)位論文。

3、(保密的學(xué)位論文在解密后適用本授權(quán)書)學(xué)位論文作者簽名：張·謅導(dǎo)師簽名：簽字日期：矽膨年石月≯日簽字日期：學(xué)位論文作者畢業(yè)后去向：工作單位：通訊地址：電話：郵編：∥月_日摘要由致病疫霉(Phytophthorainfestans)引起的馬鈴薯晚疫病是馬鈴薯生產(chǎn)上最具毀滅性的病害之一。致病疫霉微衛(wèi)星標(biāo)記可以作為研究致病疫霉生物遺傳學(xué)、群體動(dòng)態(tài)演替和多樣性的分子標(biāo)記。2010年致病疫霉基因組被破譯，為研究微衛(wèi)星位點(diǎn)在基因組中的分布規(guī)律以及微衛(wèi)星標(biāo)記的批量開發(fā)提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。本研究在分析致病疫霉基因組微衛(wèi)星序列的基礎(chǔ)上，研究和開發(fā)致病

4、疫霉微衛(wèi)星分子標(biāo)記，旨在為致病疫霉群體遺傳結(jié)構(gòu)研究提供參考。主要研究結(jié)果如下：1．利用微衛(wèi)星序列分析軟件SciRoKo3．3確定致病疫霉基因組及其不同區(qū)域完美型和復(fù)合型微衛(wèi)星的數(shù)量，并分析其分布規(guī)律。分析發(fā)現(xiàn)，在致病疫霉基因組中共有5010個(gè)完美型微衛(wèi)星位點(diǎn)，出現(xiàn)頻率平均為26．35個(gè)／Mb，最偏好基元類型為ACGG、AT和AAG。外顯子區(qū)域微衛(wèi)星基元長度為3-6bp的微衛(wèi)星，其中基元長度為3和6bp的微衛(wèi)星占93．68％。復(fù)合型微衛(wèi)星位點(diǎn)有275個(gè)，其中，82．18％為中斷完美類型。2．根據(jù)微衛(wèi)星序列特點(diǎn)及標(biāo)記原理，推測(cè)理論適

5、合微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)的位點(diǎn)應(yīng)該滿足單拷貝、高多態(tài)性和單一變量3個(gè)條件。因此，利用軟件SciRoKo3．3、ClustalX1．8l及GenBank中Primer-BLAST引物特異性檢測(cè)程序，確定了致病疫霉基因組內(nèi)共有430個(gè)適合開發(fā)高多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記位點(diǎn)。其中，基因區(qū)比基因間區(qū)的完美微衛(wèi)星比例高、單拷貝頻率高，更適合于微衛(wèi)星分子標(biāo)記的開發(fā)。3．選取序列長度(L)≥25bp的適合高多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)的位點(diǎn)，在這些位點(diǎn)的兩端序列上設(shè)計(jì)專一性PCR擴(kuò)增引物，選擇9株致病疫霉菌對(duì)引物的專一性和微衛(wèi)星的多態(tài)性進(jìn)行檢測(cè)。共獲得了115個(gè)適合

6、微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)的位點(diǎn)，經(jīng)可行性驗(yàn)證確定了64個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記，包含有多態(tài)性的33個(gè)，占51．56％，無多態(tài)性的31個(gè)。將具多態(tài)性的33個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記利用UPGMA聚類方法進(jìn)行聚類分析。通過對(duì)40株致病疫霉的區(qū)分情況分析，發(fā)現(xiàn)與所有具多態(tài)性標(biāo)記區(qū)分度相同的最小標(biāo)記數(shù)量為9。4．利用40株采自不同年份和地區(qū)的致病疫霉菌株對(duì)可行性微衛(wèi)星標(biāo)記進(jìn)行等位基因數(shù)的確定及其多態(tài)性評(píng)估。發(fā)現(xiàn)具有多態(tài)性標(biāo)記的微衛(wèi)星PIC值都在O．164～0．614之間，其中PIC>t0．5的標(biāo)記有7個(gè)，分別為E．04958、1-00408、Fs一22735、I．1084

7、0、1-06861、1-01408和1-07111；0．25

8、rainfestansgenomeMastercandidate：ZhangHong-leiMajor：PlantPathologySupervisor：ProfessorZhuJie-huaAssociate：professorYangZhi—huiAbstr