不可忽視的細(xì)部分血液基因組提取

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1、不可忽視的細(xì)節(jié)—血液基因組提取天根生化科技(北京)有限公司DNA提取的原則基因組提取方法樣本保存和前處理基因組提取流程DNA保存及檢測(cè)方法試劑選擇原則內(nèi)容沒(méi)有嚴(yán)格要求:PCRSouthernBlotsRFLP嚴(yán)格要求片段長(zhǎng)度:構(gòu)建文庫(kù)PFGE(脈沖場(chǎng)凝膠電泳)DNALengthDNA提取原則1:DNA片段長(zhǎng)度沒(méi)有嚴(yán)格要求常規(guī)PCR嚴(yán)格要求產(chǎn)物純度存檔、產(chǎn)物長(zhǎng)期保存Southern雜交熒光定量PCRSNPMicroarrayCGH(比較基因組雜交)DNA提取原則2:DNA產(chǎn)物純度DNA提取的原則基因組提取方

2、法樣本保存和前處理基因組提取流程DNA保存及檢測(cè)方法試劑選擇原則內(nèi)容基因組提取方法溶液鹽析法:無(wú)需酚氯仿,樣本量靈活可變,得率高硅膠膜吸附法:利用硅膠膜特異吸附核酸的原理來(lái)純化核酸磁珠法:獨(dú)特包埋的磁珠,在一定條件下對(duì)核酸具有很強(qiáng)的親和力,而當(dāng)條件改變時(shí),磁珠釋放吸附的核酸,能夠達(dá)到快速分離純化核酸的目的。傳統(tǒng)酚氯仿法:傳統(tǒng)方法,抽提時(shí)間長(zhǎng),成本低。但酚氯仿有毒,危害身體健康。DNA提取的原則基因組提取方法樣本保存和前處理基因組提取流程DNA保存及檢測(cè)方法試劑選擇原則內(nèi)容樣本保存和前處理-抗凝血液保存檸檬

3、酸、EDTA、肝素三種抗凝劑均可使用。但肝素對(duì)酶反應(yīng)有可能起阻害作用,采血時(shí)如沒(méi)有特殊要求,請(qǐng)使用檸檬酸或EDTA處理血樣。 加入抗凝劑混勻后2-8℃保存一周;-20℃保存一個(gè)月;-70℃長(zhǎng)期保存。盡可能保證樣本不經(jīng)過(guò)反復(fù)凍融。樣本前處理1.凍存的抗凝血液使用前溶解應(yīng)在37℃水浴迅速溶解。2.抗凝血提取前需要徹底混勻后再吸取實(shí)驗(yàn)所需的體積。樣本保存和前處理-非抗凝血保存非抗凝血即血凝塊。-20℃保存一個(gè)月;-70℃長(zhǎng)期保存。盡可能保證樣本不經(jīng)過(guò)反復(fù)凍融。樣本前處理1.凍存的血凝塊使用前應(yīng)在37℃水浴溶解,

4、輕柔顛倒混勻。2.血凝塊取出后先采取機(jī)械破碎的方法(例如:放入無(wú)粉橡膠手套中捏碎或勻漿)將血凝塊破碎,然后再根據(jù)自己的實(shí)驗(yàn)取適量樣本。血凝塊前期破碎程度越高,提取基因組就越容易!樣本保存和前處理-白膜層保存全血分離得到的白膜層放置-20℃或-70℃長(zhǎng)期保存。盡可能保證樣本不經(jīng)過(guò)反復(fù)凍融。樣本前處理1.白膜層是將全血離心取中間層所得。白細(xì)胞則是用紅細(xì)胞裂解液裂解紅細(xì)胞后得到的沉淀。2.凍存的白膜層使用前應(yīng)在37℃水浴溶解,輕柔顛倒混勻。3.雖然得到的是白膜層,但是會(huì)有少量紅細(xì)胞存在,所以紅細(xì)胞裂解液還是必要

5、的,但用量減半。4.采用白膜層提取核酸時(shí),所用到的提取溶液體積需按照全血體積進(jìn)行操作。即:1ml全血得到的白膜層提取時(shí)需要加入提取1ml全血的試劑量。樣本保存和前處理-血清/血漿保存現(xiàn)在很多科研者使用血清/血漿提取游離核酸進(jìn)行研究,例如:腫瘤研究。分離得到的血清/血漿放置-70℃保存。盡量避免樣本反復(fù)凍融。樣本前處理1.凍存的血清/血漿使用前溶解應(yīng)在37℃水浴溶解,輕柔顛倒混勻。2.血清/血漿核酸提取時(shí)無(wú)需紅細(xì)胞裂解。3.只需100-200ul樣本,基本能滿(mǎn)足下游常規(guī)PCR或熒光定量PCR檢測(cè)。樣本保存和

6、前處理-微量血液/干血點(diǎn)/羊水/胸水保存微量血液:抗凝血液-20或-70℃保存; 干血點(diǎn):干燥后室溫或4℃保存; 羊水:-20或-70℃保存。樣本前處理1.微量血液處理同抗凝血液,不同之處是無(wú)需進(jìn)行紅細(xì)胞裂解步驟。2.干血點(diǎn)加入緩沖液直接進(jìn)行提取。3.羊水/胸水提取時(shí)先離心得到沉淀,再進(jìn)行裂解提取核酸。樣本保存和前處理-口拭子/漱口水保存口拭子:干燥后室溫保存 漱口水:4℃保存或離心得到沉淀-20℃或-70℃保存樣本前處理1.拭子將拭子棉頭剪入到離心管里,加入緩沖液直接進(jìn)行提取。2.有些拭子的棉頭剪不下來(lái)

7、,可以將拭子在生理鹽水里漂洗幾次,離心得到沉淀再進(jìn)行核酸提取。3.漱口水先進(jìn)行離心得到沉淀再進(jìn)行核酸提取。DNA提取的原則基因組提取方法樣本保存和前處理基因組提取流程DNA保存及檢測(cè)方法試劑選擇原則內(nèi)容基因組提取流程加入吸附柱緩沖液漂洗DNA洗脫收集樣本裂解純化去蛋白沉淀核酸洗滌去鹽溶解DNA沉淀樣本裂解溶液法(鹽析法)吸附柱法紅細(xì)胞裂解哺乳動(dòng)物血液的紅細(xì)胞中沒(méi)有細(xì)胞核且核酸酶含量豐富,所以裂解紅細(xì)胞對(duì)核酸提取非常重要。紅細(xì)胞裂解有兩種方式:采用紅細(xì)胞裂解液進(jìn)行裂解(通常紅細(xì)胞裂解液按照3倍全血體積加入進(jìn)

8、行裂解).采用細(xì)胞裂解液進(jìn)行裂解(TIANGEN的細(xì)胞裂解液CL是按照2.5倍全血體積),細(xì)胞裂解液將紅細(xì)胞裂解的同時(shí)可以裂解白細(xì)胞,得到的為細(xì)胞核沉淀,更方便基因組DNA的提取。紅細(xì)胞裂解充分的現(xiàn)象: 得到的沉淀應(yīng)為白色沉淀或淡粉色沉淀。有時(shí)血液需要進(jìn)行兩次裂解,注意第二次加入裂解液后需要將沉淀votex徹底混勻。核細(xì)胞裂解如果有裂紅的步驟,請(qǐng)盡量將上清去除再加入裂解液。加入裂解液(如:TIANGEN試劑盒中的GB或FG)和

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