ntsys軟件使用詳細(xì)說明

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1、Ntsys2.1軟件使用詳細(xì)說明一.數(shù)據(jù)處理方法1.1：excel5/95格式數(shù)據(jù)1）首先得到0/1數(shù)據(jù)，輸入excel中，格式如圖所示：其中1表示數(shù)據(jù)格式為rectangulardatamatrix，12表示數(shù)據(jù)共12行（本例中表示12個(gè)個(gè)體），30表示數(shù)據(jù)共30列（本例中表示30個(gè)位點(diǎn)），0表示無缺失數(shù)據(jù)（若有缺失，則用1表示，缺失值可用-999或其它數(shù)字代替）。2）格式及數(shù)據(jù)輸入正確后，點(diǎn)擊另存為excel5/95格式，命名為aflp01.xls。3）采用NTedit數(shù)據(jù)編輯器打開所保存的文件file>openfileinagrid，在文件類型中選擇excel格式，找

2、到要分析的文件并打開，查看是否有錯(cuò)誤，或需要修改的地方，沒有問題后，保存為.nts格式。1.2：txt格式數(shù)據(jù)1）另一種數(shù)據(jù)處理方法，首先在excel中得到數(shù)據(jù)，如下圖（注意：第一行與第一種方法不同，1表示數(shù)據(jù)格式為rectangulardatamatrix；12B表示共12行（本例中表示12個(gè)個(gè)體，行標(biāo)簽位于數(shù)據(jù)主體的開始，B表示Beginningofeachrow），30L表示共30列（本例中表示30個(gè)位點(diǎn)，L：label表示列標(biāo)簽），0表示無缺失）?；蛘呷缦聢D格式（其中第一行為112L30L0，解釋略；第二行為每行的行標(biāo)簽；第三行為每列的列標(biāo)簽；第四行起為數(shù)據(jù)主體。）

3、：2）格式及數(shù)據(jù)都處理好之后，點(diǎn)文件另存為，保存為文本文件.txt格式。3）得到txt格式文件后，即可直接用ntsys進(jìn)行分析（只要格式正確，ntsys可以對(duì)txt文件進(jìn)行分析，而不用再轉(zhuǎn)換或保存成.nts格式）。1.3：直接采用NTedit進(jìn)行數(shù)據(jù)的輸入和保存1）對(duì)于數(shù)據(jù)量不大的數(shù)據(jù)，可以直接采用NTedit進(jìn)行數(shù)據(jù)的輸入，如圖所示：2）數(shù)據(jù)輸入好后，點(diǎn)擊file>savefile將數(shù)據(jù)保存.nts格式。二.計(jì)算遺傳距離矩陣或相似性矩陣（distancematrixorsimilaritymatrix）對(duì)于0/1數(shù)據(jù)和定性數(shù)據(jù)：打開ntsys軟件，在similarity模

4、塊中選擇simqual，inputfile中輸入要分析的文件名稱，如aflp01.nts，計(jì)算方法中矩陣系數(shù)coefficient選擇dice，outputfile命名輸出文件名稱如aflp01-dice。之后點(diǎn)compute，得到相似性矩陣。注：1.本例中由于個(gè)體是按行排列的，所以要在Byrows?進(jìn)行勾選（表選中）。如果個(gè)體是按列進(jìn)行排列的，則不勾選。2.系數(shù)可根據(jù)要求選擇不同的系數(shù)，如DICE，J，SM，PHI等。3.DICE，J只能得到相似性矩陣，可以采用1-dice系數(shù)，或者1-J系數(shù)得到距離矩陣。4.simqual只針對(duì)定性數(shù)據(jù)或二元數(shù)據(jù)（0/1），對(duì)于其它數(shù)據(jù)

5、如DNA數(shù)據(jù)則采用simgend進(jìn)行遺傳距離計(jì)算，對(duì)于定量數(shù)據(jù)或間隔數(shù)據(jù)則采用simint計(jì)算距離矩陣。三.聚類分析（clustering）3.1SAHN進(jìn)行upgma聚類分析1）在得到相似性矩陣或距離矩陣文件之后，采用clustering模塊中的SAHN，inputfile選擇相似性矩陣文件，如aflp01-dice.nts，outputfile命名輸出文件的名稱，如aflp01-dice-upgma.nts，聚類方法中選擇upgma，incaseofties選擇find或者warn，點(diǎn)擊compute得到結(jié)果，在程序左下角可以看到圖標(biāo)，點(diǎn)擊即可得到聚類結(jié)果。2）Upgm

6、a聚類結(jié)果如圖所示，在該圖中可點(diǎn)擊options菜單對(duì)聚類圖的文字格式和線條樣式等進(jìn)行修改，以得到滿意的圖片。3）Cophenetic相關(guān)性檢驗(yàn)Upgma聚類分析之后，為了檢驗(yàn)聚類結(jié)果的好壞，一般要進(jìn)行copheneticcorrelation分析，操作如下：在clustering模塊中選擇Coph，如下圖，inputtree中輸入聚類分析得到的結(jié)果文件，如aflp01-dice-upgma.nts，在輸出文件中命名aflp01-coph.nts，點(diǎn)擊compute，得到cophenetic值文件。計(jì)算完成后在graphics模塊中選擇MxComp，在inputfile1（

7、x）中選擇相似性矩陣文件，如aflp01-dice.nts，在inputfile2（y）中選擇coph計(jì)算得到的文件，如aflp01-coph.nts，numberofpermutation可選擇1000次，或不選。點(diǎn)擊compute。計(jì)算結(jié)束后得到分析結(jié)果，會(huì)出現(xiàn)矩陣比較圖matrixcomparison和correlationtest結(jié)果，如下面的兩個(gè)圖所示（相關(guān)性系數(shù)為r=0.842，說明聚類結(jié)果較好）。4）upgma聚類分析batch上述的分析步驟可以采用batch進(jìn)行批處理分析，命令如下（將下面的命令保存