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《ntsys軟件使用詳細說明》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、Ntsys2.1軟件使用詳細說明一.數(shù)據(jù)處理方法1.1：excel5/95格式數(shù)據(jù)1）首先得到0/1數(shù)據(jù)，輸入excel中，格式如圖所示：其中1表示數(shù)據(jù)格式為rectangulardatamatrix，12表示數(shù)據(jù)共12行（本例中表示12個個體），30表示數(shù)據(jù)共30列（本例中表示30個位點），0表示無缺失數(shù)據(jù)（若有缺失，則用1表示，缺失值可用-999或其它數(shù)字代替）。2）格式及數(shù)據(jù)輸入正確后，點擊另存為excel5/95格式，命名為aflp01.xls。3）采用NTedit數(shù)據(jù)編輯器打開所保存的文件file>openfileinagrid，在文件類型中選擇exc
2、el格式，找到要分析的文件并打開，查看是否有錯誤，或需要修改的地方，沒有問題后，保存為.nts格式。1.2：txt格式數(shù)據(jù)1）另一種數(shù)據(jù)處理方法，首先在excel中得到數(shù)據(jù)，如下圖（注意：第一行與第一種方法不同，1表示數(shù)據(jù)格式為rectangulardatamatrix；12B表示共12行（本例中表示12個個體，行標簽位于數(shù)據(jù)主體的開始，B表示Beginningofeachrow），30L表示共30列（本例中表示30個位點，L：label表示列標簽），0表示無缺失）?；蛘呷缦聢D格式（其中第一行為112L30L0，解釋略；第二行為每行的行標簽；第三行為每列的列標簽
3、；第四行起為數(shù)據(jù)主體。）：2）格式及數(shù)據(jù)都處理好之后，點文件另存為，保存為文本文件.txt格式。3）得到txt格式文件后，即可直接用ntsys進行分析（只要格式正確，ntsys可以對txt文件進行分析，而不用再轉(zhuǎn)換或保存成.nts格式）。1.3：直接采用NTedit進行數(shù)據(jù)的輸入和保存1）對于數(shù)據(jù)量不大的數(shù)據(jù)，可以直接采用NTedit進行數(shù)據(jù)的輸入，如圖所示：2）數(shù)據(jù)輸入好后，點擊file>savefile將數(shù)據(jù)保存.nts格式。二.計算遺傳距離矩陣或相似性矩陣（distancematrixorsimilaritymatrix）對于0/1數(shù)據(jù)和定性數(shù)據(jù)：打開nt
4、sys軟件，在similarity模塊中選擇simqual，inputfile中輸入要分析的文件名稱，如aflp01.nts，計算方法中矩陣系數(shù)coefficient選擇dice，outputfile命名輸出文件名稱如aflp01-dice。之后點compute，得到相似性矩陣。注：1.本例中由于個體是按行排列的，所以要在Byrows?進行勾選（表選中）。如果個體是按列進行排列的，則不勾選。2.系數(shù)可根據(jù)要求選擇不同的系數(shù)，如DICE，J，SM，PHI等。3.DICE，J只能得到相似性矩陣，可以采用1-dice系數(shù)，或者1-J系數(shù)得到距離矩陣。4.simqual
5、只針對定性數(shù)據(jù)或二元數(shù)據(jù)（0/1），對于其它數(shù)據(jù)如DNA數(shù)據(jù)則采用simgend進行遺傳距離計算，對于定量數(shù)據(jù)或間隔數(shù)據(jù)則采用simint計算距離矩陣。三.聚類分析（clustering）3.1SAHN進行upgma聚類分析1）在得到相似性矩陣或距離矩陣文件之后，采用clustering模塊中的SAHN，inputfile選擇相似性矩陣文件，如aflp01-dice.nts，outputfile命名輸出文件的名稱，如aflp01-dice-upgma.nts，聚類方法中選擇upgma，incaseofties選擇find或者warn，點擊compute得到結(jié)果，
6、在程序左下角可以看到圖標，點擊即可得到聚類結(jié)果。2）Upgma聚類結(jié)果如圖所示，在該圖中可點擊options菜單對聚類圖的文字格式和線條樣式等進行修改，以得到滿意的圖片。3）Cophenetic相關(guān)性檢驗Upgma聚類分析之后，為了檢驗聚類結(jié)果的好壞，一般要進行copheneticcorrelation分析，操作如下：在clustering模塊中選擇Coph，如下圖，inputtree中輸入聚類分析得到的結(jié)果文件，如aflp01-dice-upgma.nts，在輸出文件中命名aflp01-coph.nts，點擊compute，得到cophenetic值文件。計算
7、完成后在graphics模塊中選擇MxComp，在inputfile1（x）中選擇相似性矩陣文件，如aflp01-dice.nts，在inputfile2（y）中選擇coph計算得到的文件，如aflp01-coph.nts，numberofpermutation可選擇1000次，或不選。點擊compute。計算結(jié)束后得到分析結(jié)果，會出現(xiàn)矩陣比較圖matrixcomparison和correlationtest結(jié)果，如下面的兩個圖所示（相關(guān)性系數(shù)為r=0.842，說明聚類結(jié)果較好）。4）upgma聚類分析batch上述的分析步驟可以采用batch進行批處理分析，命
8、令如下（將下面的命令保存
