[農(nóng)業(yè)]論文櫛孔扇貝bac克隆的共定位及物理圖譜相關(guān)contig驗證研究

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1、論文：櫛孔扇貝BAC克隆的共定位及物理圖譜相關(guān)contig驗證研究【中文摘要】櫛孔扇貝(Chlamysfarreri)是我國北部沿海一個非常重要的養(yǎng)殖種類。物理圖譜是基因組測序、基因繪圖、遺傳改良和選育的關(guān)鍵工具。本課題組在BAC文庫基礎(chǔ)上構(gòu)建了櫛孔扇貝物理圖譜,我們采用ABI3130xl測序儀對兩個BAC庫總共81,408個BAC克隆進行了指紋分析。經(jīng)過數(shù)據(jù)處理,我們最后得到了3,072條contig片段,每個contig平均包含41.2個克隆,平均大小521Kb,所有contig加起來總長度接近1.6Gb,覆蓋1.3倍基因組。為了驗證物理圖譜contig組裝的正確性,

2、我們利用BAC-FISH技術(shù)將包含櫛孔扇貝核苷二磷酸激酶基因(NDPK)的兩個BAC克隆定位到染色體同一位置上;而在物理圖譜上,這兩個BAC克隆也是位于同一條contig上。BAC克隆的共定位結(jié)果從一個角度直觀地證明了圖譜組裝的正確性。同時,核苷二磷酸激酶是一類存在廣泛、高度保守,在細胞能量和信息傳遞中具有重要作用的酶,NDPK基因的染色體定位將對深入研究該基因的結(jié)構(gòu)、功能以及應(yīng)用于生產(chǎn)實踐提供理論支撐。物理圖譜的構(gòu)建及低拷貝基因定位工作,將對櫛孔扇貝基因組和染色體的深入研究以及圖譜整合、染色體鑒別、圖位克隆等工作...【英文摘要】Zhikongscallop(Chlam

3、ysfarreri)isoneofmosteconomiclyimportantaquaculturespeciesinChina.Physicalmapisacrucialtoolforgenomesequencing,genemapping,geneticimprovementandselectivebreeding.Wehavedevelopedagenome-wide,BAC-basedphysicalmapforthespeciesrecently.Atotalof81,408clonesfromtwoscallopBAClibrarieswerefingerp

4、rintedusingABI3130xlGeneticAnalyzer.AfterDataprocessing,Atotalof3,072contigswereassembled.Eachcontigcontainsanaverageof41.2clone...【關(guān)鍵詞】【英文關(guān)鍵詞】【目錄】櫛孔扇貝BAC克隆的共定位及物理圖譜相關(guān)contig驗證研究摘要5-6Abstract6第一章文獻綜述7-22第一節(jié)櫛孔扇貝7-91.1櫛孔扇貝簡介71.2櫛孔扇貝的基因組學(xué)研究7-9第二節(jié)細胞遺傳圖譜的研究進展9-10第三節(jié)熒光原位雜交技術(shù)10-223.1FISH原理103.2BA

5、C-FISH技術(shù)10-133.3FISH技術(shù)的應(yīng)用133.4FISH技術(shù)的應(yīng)用13-22第二章櫛孔扇貝高密度物理圖譜的構(gòu)建22-301材料與方法22-242結(jié)果（詳見本課題組研究論文Zhangetal.,2011）24-283討論28-30第三章利用FISH技術(shù)研究櫛孔扇貝BAC克隆的共定位30-44第一節(jié)櫛孔扇貝185核糖體RNA基因的染色體定位30-351.1材料與方法30-331.2結(jié)果33-341.2.1探針合成331.2.218SrDNA的FISH定位33-341.3討論34-35第二節(jié)櫛孔扇貝NDPK基因的BAC-FISH定位35-412.1材料與方法35-3

6、72.2結(jié)果37-392.3討論39-41第三節(jié)櫛孔扇貝BAC克隆的共定位41-443.1材料與方法41-423.2結(jié)果42-433.3討論43-44參考文獻44-50碩士期間發(fā)表的文章及參加的課題50-511發(fā)表論文503參加課題50-51致謝51