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《櫛孔扇貝(chlamys+farreri)csnp開發(fā)及其在單倍型的構(gòu)建中應(yīng)用》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、櫛孑L扇(Chlamysfa腳ri)cSNP的開發(fā)及其在單倍型構(gòu)建中的應(yīng)用摘要1．櫛孑L扇貝SNP的篩選本研究隨機選取了500條櫛孔扇貝454測序的cDNA序列，針對其中的候選位點設(shè)計引物和探針，共有259對引物成功擴增，引物可用率為68．5％，產(chǎn)物的大小在7卜900bps之間，與預(yù)期一致的有187對引物。取PCR產(chǎn)物大小在7卜150bps之間的引物對作為可用的引物，共187對，占引物設(shè)計總設(shè)計數(shù)目的49．5％。用6個個體對這187對引物進行探針驗證，可用于分型的有101個位點，探針的可用率為54％。實驗采用HRM方法分型
2、，用5個野生群體的48個個體進行篩選，共得到44個多態(tài)的SNP位點，包括34個轉(zhuǎn)換和10個顛換。這44個多態(tài)位點來源的cDNA序列總長約為27646bps，占總候選位點數(shù)目的17．4％，開發(fā)位點的密度相當于約630bps／SNP。用青島群體的48個個體對這44個位點進行遺傳評價。位點的主要遺傳參數(shù)顯示：44個位點在這5個群體中均具有多態(tài)性，期望雜合度在0．100到0．505之間，觀測雜合度在0．104到O．875之間，其中有40個位點符合哈溫平衡。以上結(jié)果表明櫛孑L扇貝基因組的轉(zhuǎn)錄區(qū)域變異度較高。2．單倍型的構(gòu)建從數(shù)據(jù)庫中
3、選取采用48個青島群體分型的SNP位點，將所在序列進行聚類得N8個Block，長度在376_-2359bps之間，平均長度為972bps，每個Block包含3或4個SNP。PAGE檢測顯示C34869CHF、C5273CHF長度與預(yù)期大小基本一致。采用PHASE2．1程序進行單倍型的構(gòu)建及單倍型頻率的計算8個Block的單倍型及頻率，單倍型的數(shù)量在8至U16之間，位點的平均等位形式數(shù)目為12。C16019CHF和C5471CHF分別有三種和兩種主要的等位形式，其分布頻率分布在0．000206--0．069202之間，單倍型
4、頻率差異顯著，單倍型可確定的個體數(shù)為分別為28和29。C34869CHF的16種單倍型頻率差異不顯著，單倍型可確定的個體數(shù)僅為1。其他5個區(qū)域的單倍型頻率分布情況與C16019CHF和C5471CHF相似。兩點間LD分析的結(jié)果顯示，當P<0．05時，青島群體的這8個Block不存在連鎖不平衡關(guān)系。關(guān)鍵詞：櫛孔扇貝，分子標記，單核苷酸多態(tài)性，轉(zhuǎn)錄組，高分辨率熔解曲線，單倍型，PHASE2．1，連鎖不平衡ThedevelopmentofcSNPsinZhikongscallop(Chlamysfa鵬rf)transcripto
5、meandconstructionofhaplotypeAbstract1．SNPsidentificationforZhikongseaIIopInthisresearch，fivehundredcontigsbasedon454sequencingofthetranscriptomeofZhikongscallop(ChlamysfarreriJonesetPreston)areselectedrandomly．thenprimersandprobesaredesignedforcandidatesites．Twohu
6、ndredandfifty-ninepairsofprimersaleampliedsuccessfully,whichtakeaccountfor65．8％ofallthedesigned．Thesizesofproductsbetween70bpsand900bps，andthenprimersofproductsbetween70bpsand150bpsarepicked．Sixindividualsaleusedfortestingvalidationofprobes，getting101sitesforgenot
7、ypinglater．Consequently,44cSNPs(excludeindel)areidentifiedfollowinghighresolutionmelting(HRM)bytaking48representativeunrelatedindividuals，whichorignatefrom5populations．Forty-eightindividualsfromQingdaopopulationaleutilizedforcharactering．Overall,Herangefrom0．100to
8、0．505局distributefromO．1042toO．875．Fourofanalysesexhibitednon—MendeliansegregationratiosbeforeBonferronicorrection，with0．8％significantaftercorrection．dem
