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《綿毛優(yōu)若藜冷脅近均一化全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)構(gòu)建及EST分析.pdf》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線(xiàn)閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在工程資料-天天文庫(kù)。
1、Constructionofnormalizedfull—lengthcDNAlibraryandAnalysisofExpressedSequenceTaginCold‘stressedCeratoideslanataMingFuhuanA．t．．h．．．．e．．．．s．．．i．—s．submittedinpartialsatisfactionoftheRequirementsforthedegreeofMasterofScience1nBiochemistryandMolecularBiology1nCentralSouthUniversit
2、yofForestryandTechnology498ShaoshanSouthRoad，TianxinDistrictChangshaHunan410004，ER．CHINASupervisorAssociateProfessorZHANGDang—QuanMay,2011中南林業(yè)科技大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明lIIIIIIIIIIIIUlY1913538本人鄭重聲明：所呈交的論文是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下獨(dú)立進(jìn)行研究所取得的研究成果。除了文中特別加以標(biāo)注引用的內(nèi)容外，本論文不包含任何其他個(gè)人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫(xiě)的成果作品，也不包含為獲得中南林業(yè)科技大學(xué)
3、或其他教育機(jī)構(gòu)的學(xué)位或證書(shū)所使用過(guò)的材料。對(duì)本文的研究作出重要貢獻(xiàn)的個(gè)人和集體，均已在文中以明確方式表明。本人完全意識(shí)到本聲明的法律后果由本人承擔(dān)。作者簽名：吲鉗峽沙f1年歲月聽(tīng)日學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書(shū)本學(xué)位論文作者完全了解學(xué)校有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定，同意學(xué)校保留并向國(guó)家有關(guān)部門(mén)或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件或電子版，允許論文被查閱或借閱。本人授權(quán)中南林業(yè)科技大學(xué)可以將本學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索，可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存和匯編本學(xué)位論文。本學(xué)位論文屬于：1、保密口，在年解密后適用本授權(quán)書(shū)。2、不保密彩(請(qǐng)您在以上
4、相應(yīng)方框打“寸，)作者簽名：閼{于犢功f1年5月卵日摘要綿毛優(yōu)若藜是原產(chǎn)美洲大陸的一種沙漠常綠灌木，是荒漠牧場(chǎng)冬季和春季的重要灌木飼草，近年來(lái)已在我國(guó)西北成功引種。綿毛優(yōu)若藜的惡劣環(huán)境適應(yīng)性極強(qiáng)，可在零下30"0、年降雨量為70．500mm、pH值為7．0．9．0的逆境中生長(zhǎng)，具有極強(qiáng)的抗凍、抗干旱、耐高溫、耐鹽堿、耐貧瘠、耐沙埋等優(yōu)點(diǎn)，擁有寶貴的抗逆性基因資源。因此，本文開(kāi)展綿毛優(yōu)若藜冷脅迫的均一化全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)構(gòu)建，進(jìn)行大規(guī)模的隨機(jī)測(cè)序，并對(duì)表達(dá)基因進(jìn)行EST分析與生物信息學(xué)注釋?zhuān)@取冷脅迫抗逆基因資源信息，有利于解析荒漠常綠灌木的抗凍分子
5、機(jī)制，為我國(guó)抗寒基因工程和轉(zhuǎn)基因利用提供理論依據(jù)和物質(zhì)基礎(chǔ)。獲得了以下主要結(jié)果：(1)采用CreatorSMART技術(shù)與DSN相結(jié)合方法，構(gòu)建了綿毛優(yōu)若藜冷脅迫均一化全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)，文庫(kù)的庫(kù)容量為1．4x106克隆，插入片段的大小基本上在0．25．3kb之間，平均長(zhǎng)度大于lkb，且文庫(kù)重組率為100％，全長(zhǎng)率為46．3％，完全達(dá)到了高質(zhì)量的全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)的建庫(kù)要求。(2)隨機(jī)挑取1248個(gè)克隆進(jìn)行測(cè)序，成功測(cè)序1060條并構(gòu)成綿毛優(yōu)若藜冷脅迫的EST庫(kù)。去除空載體和低質(zhì)量的ESTs后，獲得高質(zhì)量ESTs為1041條，最短序列為100bp，最長(zhǎng)
6、為681bp，平均長(zhǎng)度為551bp。(3)對(duì)1041條高質(zhì)量EST庫(kù)進(jìn)行組裝拼接后，獲得1009條Unigenes，其中重疊群Contigs為60個(gè)，平均長(zhǎng)度為656bp，最短序列為307bp，最長(zhǎng)序列為1100bp。1009條Unigenes序列，長(zhǎng)度跨度從100bp至1100bp，平均長(zhǎng)度為558bp，低豐度基因Singlets(僅含一條EST)為978條，占總數(shù)的96．93％，表明均一化效果和文庫(kù)質(zhì)量極高。(4)對(duì)獲得的1009條Unigenes進(jìn)行ORF預(yù)測(cè)，得到946條ORF，序列長(zhǎng)度最短為102bp，最長(zhǎng)為981bp，序列平均長(zhǎng)度為3
7、73bp。(5)對(duì)1009條Unigenes序列進(jìn)行進(jìn)行Blastn-Nt同源性分析，529條序列與已知序列有同源特征，占總數(shù)的52．43％，其中為推測(cè)功能基因的有312條，占總數(shù)的30．92％，未找到序列同源性的Unigenes序列有480條，占總數(shù)的47．57％。(6)對(duì)1009條Unigenes序列進(jìn)行進(jìn)行Blastx-Nr同源性分析，740條序列與已知序列有同源特征，占總數(shù)的73．34％，其中543條序列為推測(cè)功能基因，占總數(shù)的53．16％，未找到同源序列的有269條，占總數(shù)的26．66％。(7)對(duì)1009條Unigene序列進(jìn)行Blas
8、t．COG分析，獲得注釋序列240條，占總數(shù)的23．79％。對(duì)Blast結(jié)果進(jìn)行功能分類(lèi)，得到22類(lèi)：Generalfunctionpr
