資源描述：
《灰楸兩個材性基因的snp關(guān)聯(lián)分析》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、分類號Q7密級UDC碩士學(xué)位論文灰楸兩個材性基因的SNP關(guān)聯(lián)分析學(xué)位申請人：梅芳學(xué)科專業(yè)：生物化學(xué)與分子生物學(xué)指導(dǎo)教師：王軍輝研究員陳發(fā)菊教授二○一四年五月萬方數(shù)據(jù)ADissertationSubmittedinPartialFulfillmentoftheRequirementsfortheDegreeofMasterofScienceSNPandAssociationanalysisoftwowoodpropertygenesofCatalpafargesiiBur.GraduateStudent:MeiFan
2、gMajor:BiochemistryandMolecularBiologySupervisor:Prof.WangJunhuiProf.ChenFajuChinaThreeGorgesUniversityYichang,443002,P.R.ChinaMay,2014萬方數(shù)據(jù)三峽大學(xué)碩士學(xué)位論文三峽大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：所呈交的學(xué)位論文，是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下，獨(dú)立進(jìn)行研究工作所取得的成果，除文中已經(jīng)注明引用的內(nèi)容外，本論文不含任何其他個人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的作品成果。對本文的研究做出重要貢獻(xiàn)的個
3、人和集體均已在文中以明確方式標(biāo)明，本人完全意識到本聲明的法律后果由本人承擔(dān)。學(xué)位論文作者簽名：日期：I萬方數(shù)據(jù)三峽大學(xué)碩士學(xué)位論文摘要灰楸（CatalpafargesiiBur.）屬紫葳科（Bignoniaceae）梓屬（Catalpa）植物，是我國特有珍貴用材樹種，主要分布于渭河、涇河、汾河、黃河流域及秦嶺山地。目前對灰楸的研究主要側(cè)重于繁殖方法、資源收集、新品種選育等方面，而分子標(biāo)記輔助育種方面的研究剛剛起步。本研究利用單核苷酸多態(tài)性和關(guān)聯(lián)分析的方法，對灰楸材性相關(guān)基因蔗糖合酶基因和香豆酸-3-羥基化酶基因進(jìn)行
4、研究，旨在為灰楸的遺傳育種奠定理論基礎(chǔ)。本研究獲得如下結(jié)果：1)蔗糖合酶基因（sucrosesynthase,簡稱SUS）是纖維素合成途徑中的關(guān)鍵酶基因。本研究克隆得到CfSUS的cDNA2887bp，含有完整的開放閱讀框2418bp，編碼805個氨基酸。獲得CfSUS的DNA全長5067bp，編碼區(qū)被11個內(nèi)含子分割成12段。在93個灰楸無性系中進(jìn)行SUS基因擴(kuò)增，經(jīng)序列比對得到135個SNP位點(diǎn)，外顯子、內(nèi)含子和非編碼區(qū)上的SNPs分別有76個、53個和6個，出現(xiàn)的頻率分別為1/32、1/19和1/9；在該基因
5、序列上檢測到5次插入和7次缺失，共涉及到44個變異位點(diǎn)，插入和缺失長度范圍為1~15bp，其中發(fā)生在外顯子上的插入和缺失有1次，內(nèi)含子上的10次，3’UTR上1次。核苷酸多態(tài)性為0.01841。編碼區(qū)76個SNPs中有19次同義突變，57次非同義突變，包括55次錯義突變和2次無義突變。135個SNPs中有1個位點(diǎn)為三等位變異，T/C/A，對其余134個二等位突變位點(diǎn)進(jìn)行變異類型統(tǒng)計(jì)，共發(fā)生轉(zhuǎn)換84次，顛換50次。135個SNPs中的48個常見SNPs與9個材性性狀的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示：有8個標(biāo)記位點(diǎn)（分別命名為sSN
6、P1-sSNP8）與中央平均直徑極顯著關(guān)聯(lián)，3個標(biāo)記位點(diǎn)（分別命名為sSNP9-sSNP11）與弦向中央直徑極顯著關(guān)聯(lián)；8個與中央平均直徑關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)均只檢測到2種基因型，且純合基因型所對應(yīng)的中央平均直徑均值均高于雜合基因型所對應(yīng)的均值；3個與弦向中央直徑關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)均檢測到3種基因型，3種基因型的弦向中央直徑均值均表現(xiàn)為：某一純合基因型對應(yīng)弦向中央直徑均值高于另一純合基因型所對應(yīng)的均值，而兩種純合基因型對應(yīng)的弦向中央直徑均值均高于雜合基因型對應(yīng)的均值。2)香豆酸-3-羥基化酶基因（p-coumarate3-hydro
7、xylase,簡稱C3H）是木質(zhì)素合成途徑中的關(guān)鍵基因。本研究克隆得到CfC3H的cDNA全長1825bp，含完整開放閱讀框1530bp，編碼509個氨基酸。獲得CfC3H的DNA全長3511bp，外顯子被2個內(nèi)含子分割成3段。在88個灰楸無性系中進(jìn)行CfC3H克隆，經(jīng)序列比對得到163個SNP位點(diǎn)，其中5’UTR、外顯子、內(nèi)含子和3’UTR上的SNPs分別為4個、55個、94個和10個，出現(xiàn)的頻率分別為1/11、1/36、1/6和1/13。共發(fā)生插入和缺失45次，II萬方數(shù)據(jù)三峽大學(xué)碩士學(xué)位論文涉及位點(diǎn)152個。
8、核苷酸多態(tài)性為0.00307。編碼區(qū)內(nèi)的55個SNPs有15次為同義突變，40次為非同義突變，其中無義突變4次，非同義突變/同義突變?yōu)?.67>1。163個SNPs中的157個二等位位點(diǎn)共發(fā)生轉(zhuǎn)換104次，顛換53次，轉(zhuǎn)換/顛換為1.96。163個SNPs中的17個常見SNPs與9個材性性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析的結(jié)果顯示：僅1個標(biāo)記位點(diǎn)（命名為cSNP）與管孔率顯著
