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《合浦珠母貝c型凝集素基因及其snp位點分析》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、/.'上海海洋大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：我恪守學(xué)術(shù)道德，崇尚嚴(yán)謹(jǐn)學(xué)風(fēng)。所呈交的學(xué)位論文，是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下，獨立進行研究工作所取得的成果。除文中已經(jīng)明確注明和引用的內(nèi)容外，本論文不包含任何其他個人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的作品及成果的內(nèi)容。論文為本人親自撰寫，我對●所寫的內(nèi)容負(fù)責(zé)，并完全意識到本聲明的法律結(jié)果由本人承擔(dān)。}i≥學(xué)位論文作者簽名：棚鋸藪爵同期：a2川年匆月I2／F{上海海洋大學(xué)學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書學(xué)位論文作者完全了解學(xué)校有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定，◆同意學(xué)校保留并向國家有關(guān)部門或機構(gòu)送交論
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3、．6．12●????上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文合浦珠母貝C-型凝集素基因及其SNP位點研究摘要■合浦珠母貝(Pincatadafucata)又稱馬氏珠母貝，主要分布于太平洋、大西洋和印度洋的低緯度海區(qū)，在我國主要分布于廣東、廣西和海南等沿海地區(qū)，是我國生產(chǎn)海水珍珠的主要貝類之一，其生產(chǎn)的珍珠具有極高的經(jīng)濟價值。本研究在合浦珠母貝cDNA文庫構(gòu)建和測序的基礎(chǔ)上，經(jīng)過EST序列比對，獲得2個合浦珠母貝C一型凝集素(C-typelectin)基因，分別命名為PoLECI和PoLEC2，分析了PoLECl和PoLEC2的序列特
4、征和組織表達調(diào)控模式，對PoLECI進行了原核重組表達及功能分析，證實了其具有凝集細菌的活性，同時，克隆了PoLECI基因組，經(jīng)分析和篩選，獲得了30個SNP位點，分析其與露空脅迫抗性的相關(guān)性，證實了PoCL-S18和PoCL-S26位點與抗露空脅迫顯著相關(guān)，為合浦珠母貝分子標(biāo)記輔助育種奠定了基礎(chǔ)。1．PoLECl的序列、表達和功能分析PoLECI全長998bp，5’-UTR為33bp，3’-UTR為101bp，開放閱讀框為861bp，●編碼287個氨基酸，分子量為31．68kDa，理論等電點約5．83。預(yù)測的氨基酸
5、序列中含有信號肽(Met’-Serl9)和糖識別結(jié)構(gòu)域，糖識別結(jié)構(gòu)域中存在6個保守的半胱氨酸和1個糖結(jié)合位點。同源性分析結(jié)果表明，PoLECl與其它物種c一型凝集素的糖識別結(jié)構(gòu)域序列同源性在16．曠27．3％之間，相似性在28．9—48．5％之間。進化分析結(jié)果表明，PoLECl與櫛孔扇貝聚為一支，與無脊椎動物親緣較近。組織表達模式分析表明PoLECImRNA在肝胰腺，外套膜、性腺、閉殼肌、腸、鰓和血淋巴組織均有表達，在肝胰腺中的表達量最高。經(jīng)溶藻弧菌刺激后，PoLEClmRNA在肝胰腺中的表達分析結(jié)果表明，在刺激后2
6、h表達顯著下調(diào)，而在4h和24h表達顯著上調(diào)。利用PoLECI成熟肽序列構(gòu)建原核表達載體，在大腸桿菌中進行重組表達，用HisBind樹脂純化得到PoLECI重組蛋白，細菌凝集實驗表明其對大腸桿菌和芽孢桿菌有明顯的凝集作用?！?．PoLEC"2的序列分析和組織表達分析PoLEC2全長為1659bp，5’-UTR為39bp，3'-UTR為45bp，開放閱讀框為1575bp，可編碼525個氨基酸，分子量約58．03kDa，理論等電點為5．22。PoLEC2氨基酸含有信號肽序列(M1_A16)、一個MAId-2結(jié)構(gòu)域和一個c
7、_型凝集素的糖識別結(jié)構(gòu)域。同源性分析結(jié)果表明，PoLEC2與其它物種C一型凝集素的糖識別結(jié)構(gòu)域序列的同源性在26．5-33．6％之間，相似性在45．1-55．6％之間。進化分析結(jié)果表明，合浦珠母????上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文貝與貽貝在進化樹同一個分支上。組織表達模式分析表明PoLEC2mRNA在肝胰腺、外套膜、性腺、閉殼肌、腸和鰓組織均有表達，且在肝胰腺·}J的表達量最高。經(jīng)溶藻弧菌刺激后24h，PoLEC2mRNA在肝胰腺中的表達顯著上調(diào)；刺激后8h在腸中的表達量顯著上調(diào)?！鰙3．PoLECl基因組的SNP分析在
8、PoLECl的cDNA序列中設(shè)計引物，進行基因組擴增，成功地獲得了基因組序列，全長4943bp，包括4個外顯子和3個內(nèi)含子，3個內(nèi)含子的剪切位點都符合典型的GT／AG法則。同時，通過對基因組DNA的PCR產(chǎn)物直接測序，獲得30個SNP位點，其中13個是內(nèi)含子SNP，17個是外顯子SNP，有13個cSNP是錯義SNP引起氨基酸的變化。這些SNP位
