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《ms晶體建模基本方法(團簇模型)》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關內容在工程資料-天天文庫。
1、【分享】MS晶體建?；痉椒ǎ▓F簇模型）作者:guolianshun(站內聯(lián)系TA)收錄:2010-10-11發(fā)布:2010-09-28第一種情況:從程序自帶的各種晶體及有機模型中導入體系的晶胞1．打開MS，由file>import>structures>metals>pure-metals>Fe導入Fe的晶胞。2．由build>Surfaces>cleaveSurfaces打開對話框.在對話框中輸入要建立的晶面（hkl），選擇position，其中depth控制晶面層數(shù)。3．進入build>Superce
2、ll，輸入A、B、C的值，得到想要的超晶胞。4．到該步驟，我們已經(jīng)建立了一個周期性的超晶胞。如果要做周期性計算，則應選擇build>Crystals>buildvaccumslab，其中真空層通常選擇10埃以上。如果建立團簇模型則選擇build>Symmetry>Non-periodicStructure，去掉模型的周期性，并跟據(jù)自己的實際需要刪除部分原子，得到想要的團簇模型。5．在表面插入分子時通過菜單欄上的幾個小圖標添加即可。第二種情況:20currencydeposit,weprescribeapass
3、onaregularbasis,qilucardaccountonaregularbasis),certificatebondsandsavingsbonds(electronic);3.notdrawnonabanksavingscertificate,certificatebondsapplyformortgageloans,acceptingonlythelender手動建模，優(yōu)點是可控制晶格常數(shù)。6．首先從文獻中查到晶體的晶格常數(shù)的實驗值。7．打開build>Crystals>buildcrystal
4、s，可見到對話框。在對話框中選擇空間群與點群，然后在LatticeParameter中設置晶胞基矢的長度及夾角。8．然后打開build>Addatom，從對話框中輸入坐標。這里只需輸入幾個有代表性的原子的坐標，不必全部輸入。在坐標輸入前首先在option頁面中選擇coordinatesystem，或者分數(shù)坐標或者卡迪爾坐標。9．以下步驟重復2-5步。10．20currencydeposit,weprescribeapassonaregularbasis,qilucardaccountonaregularbas
5、is),certificatebondsandsavingsbonds(electronic);3.notdrawnonabanksavingscertificate,certificatebondsapplyformortgageloans,acceptingonlythelender需要注意的是，采取什么樣的團簇并不是任意的。原因是很多模型構造出來后在優(yōu)化過程中往往不收斂。要避免這個問題的辦法是查閱文獻，參考文獻上模型進行選取，因為它們的模型通常是經(jīng)過試驗證實收斂的。幾點說明1．與高斯相比，dmol3能夠
6、計算的體系更大。如果要研究表面的吸附，而模擬表面的團簇模型又比較大，建議采用dmol3。如果計算的是局部化學反應，而體系也不是很大，則可以使用高斯。2．關于是否考慮周期性條件的問題研究金屬表面時，團簇計算方法在前些年由于計算量小曾經(jīng)被廣泛的應用過，直到現(xiàn)在也被很多人在使用著，主要被用來計算吸附和多個分子的共吸附等，即不考慮化學鍵的斷裂。近年來由于國際上計算能力的提升，人們開始考慮周期性條件，這點從JPCA，JPCB，PRL，PRB，JACS等雜志上刊出的文章里也可以看出，但是計算量要大很多。需要注意的是，由于
7、團簇計算方法沒有考慮周期性，即在k空間里只計算了Γ點，采用該方法計算表面的化學鍵的斷裂（即表面擴散問題等）時有可能受到質疑。3．在研究表面時，通常把團簇固定，只優(yōu)化吸附在表面的分子，這一點可以通過菜單欄上的Modify>Constraint實現(xiàn)。首先選定團簇中需要固定的原子，然后在下面的對話框中打勾。同時也可以在Measurement里固定部分鍵長和鍵角。4.關于計算參數(shù)設置主要有幾個參數(shù)需要注意1對于Electronic頁面，需要注意的是Coretreatment,對于過渡金屬原子通常需要考慮相對論效應，因
8、此一般不使用All20currencydeposit,weprescribeapassonaregularbasis,qilucardaccountonaregularbasis),certificatebondsandsavingsbonds(electronic);3.notdrawnonabanksavingscertificate,certificatebondsapplyformortga
